資料庫建設是系統建設的關鍵。在建庫時，要充分考慮數據有效共享的需求，同時也要保證數據訪問的合法性和安全性。資料庫採用統一的坐標系統和高程基準，矢量數據採用大地坐標大地坐標的數據在數值上是連續的，避免高斯投影跨帶問題，從而保證資料庫地理對象的完整性，為資料庫的查詢檢索、分析套用提供方便。
在物理上，資料庫的建設要遵循實際情況。即在邏輯上建立一個整體的空間數據車、框架統一設計的同時，各級比例尺和不同數據源的數據分別建成子庫，由開發的平台管理軟體來統一協調與調度。在建庫應該重點考慮以下幾個方面:
(1) 獨立與完整性原則: 數據獨立性強，使套用系統對數據的存儲結構與存取方法有較強的適應性; 通過實時監控資料庫事務( 主要是更新和刪除操作) 的執行，來保證數據項之間的結構不受破壞，使存儲在資料庫中的數據正確、有效。
(2) 面向對象的資料庫設計原則: 空間數據表和非空間數據表作為一個類，表中的每一個行對應二個空間對象或非空間對象，建模採用UML 語言。
(3) 建庫與更新有機結合的原則: 通過建立空間實體之間的時間變化關係表的形式，解決空間實體歷史數據的保存問題。空間資料庫的設計要進行規範化處理，減少數據冗餘和確保數據的一致性。
(4) 分級共享原則: 明確基礎數據與專題、專業數據的劃分，區別對待地形、地籍，環境、規劃等信息構成的基礎空間信息和各委辦局的共享業務數據。
(5) 並發性原則: 當多個用戶程式並發存取同一個數據塊時應對並行操作需要進行控制，從而保持資料庫數據的一致性。例如不致因為多名用戶同時調閱某項資料並進行編輯而產生該數據資料的歧義。
(6) 實用性原則: 共享空間資料庫建設應面向全方位、動態的實時和準時的為各級領導和各級部門提供科學的基礎數據和專業數據。
