謝為博

謝為博

謝為博，男，2010年畢業於華中農業大學，獲基因組學博士學位。現任華中農業大學信息學院教授、博士生導師。

主要以遺傳學、生物信息學和各種組學方法為手段，圍繞水稻種質資源遺傳變異和相關組學數據的挖掘與利用開展研究。作為主要設計人員開發了全球第一款水稻育種晶片和多款後續育種晶片，獲得發明專利3項，已得到推廣套用。發表論文50餘篇，被引用超過2800次，H-index為29；其中作為通訊作者或第一作者（含共同）在 Nature Genetics 、PNAS和Genome Biology等專業雜誌上發表研究論文十餘篇，多篇入選1%高被引論文。先後主持國家自然科學基金、國家863項目子課題和國家十三五重點研發計畫課題多項，入選中國科協首批“青年人才托舉工程”。同時還擔任了PNAS、Nature Communications、Plant Journal、Bioinformatics、Scientific Reports、PLoS ONE、BMC Genomics、BMC Bioinformatics和TAG等雜誌審稿人。

基本介紹

  • 中文名：謝為博
  • 國籍：中國
  • 民族：漢
  • 職業：教授，博士生導師
  • 畢業院校：華中農業大學
人物經歷,研究方向,研究成果,承擔課題,代表論文,專利,

人物經歷

2003年畢業於中南民族大學化學與生命科學學院生物技術專業。
2004年9 月至 2010年6月，華中農業大學生命科學技術學院攻讀博士學位。
自2010年7月起，擔任華中農業大學作物遺傳改良國家重點實驗室固定研究人員。
2010年7月 - 2012年12月，華中農業大學生命科學技術學院講師
2013年1月 - 2014年7月，華中農業大學生命科學技術學院副教授
2014年8 月- 2017年12月，華中農業大學信息學院副教授，博士生導師
自2018年1月起，華中農業大學 信息學院 教授，博士生導師

研究方向

主要以所建立的水稻品種群體為基礎，致力於建立遺傳學和高通量組學平台和分析方法，挖掘優異遺傳變異，系統解析表型變異的分子機理，為分子設計育種提供基因和方法學基礎。 目前主要從事三個方面的研究：
（1）開發鑑定水稻非編碼調控元件的組學和計算方法；
（2）整合多組學數據開展水稻系統生物學研究；
（3）將上述研究結果套用於解析雜種優勢的機理。

研究成果

（1）開展了多項挖掘利用水稻種質資源遺傳變異的研究。與合作者收集並測序533份具代表性的水稻品種，建立了一個水稻關聯分析平台，有效推動了水稻重要農藝性狀相關變異位點的鑑定和利用。通過對大量水稻品種的序列分析，系統鑑定了秈稻育種過程中受選擇的基因組位點，為進一步改良水稻提供了重要靶點。率先開展了水稻“非必需基因組”研究，發掘了大量不存在於水稻參考基因組中的新序列，初步分析了其組成和形成機制並首次開展了基於泛基因組的關聯分析研究。
（2）開發了多種高通量基因分型方法和平台。建立了基於Affymetrix晶片表達譜數據挖掘序列多態性的方法和基於新一代測序技術的低成本的群體基因分型方法。作為主要設計人員之一與中國種子集團、北京大學合作開發了全球第一款水稻育種晶片和後續多款育種晶片，申請發明專利3項，已得到推廣套用。
（3）建立了多個水稻生物信息學資料庫。包括水稻表達譜資料庫CREP、水稻基因組序列變異資料庫RiceVarMap和水稻泛基因組序列資料庫PanRice，用戶超過5萬人次，有效促進了各種水稻組學數據的深度利用。

承擔課題

國家自然科學基金 基於比較基因組和ATAC-seq注釋水稻基因組染色質開放區及其序列變異 面上項目，2018-2021
國家自然科學基金 整合組學數據剖析水稻籽粒中代謝途徑及其調控網路 面上項目，2016-2019
國家重點研發計畫 雜種優勢預測的新方法和強優勢新材料 課題，2016-2020
國家863計畫專項 全基因組選擇育種技術平台建設 子課題，2014-2018
國家863計畫專項 水稻組學、資源和生物信息平台的創建 子課題，2012-2015
國家自然科學基金 基於新一代測序技術的高通量基因分型方法的開發與完善 青年基金，2012-2014

代表論文

近年主持和參與國家自然科學基金、國家863、國家重點研發計畫等科研項目10餘項。發表科學研究論文50餘篇，被引用超過2800次，h-index超過28；其中作為通訊作者或第一作者在Nature Genetics、PNAS、Genome Biology和Nucleic Acids Res等國際權威SCI雜誌上發表論文10餘篇。代表性論文（*通訊作者，並列第一作者）：
  1. Yao W, Li G, Zhao H, Wang G, Lian X,Xie W*.Exploring the rice dispensable genome using a metagenome-like assembly strategy.Genome Biology, 2015, 16: 187 (IF 10.8)
  2. Xie W#, Wang G#, Yuan M, Yao W, Lyu K, Zhao H, Yang M, Li P, Zhang X, Yuan J, Wang Q, Liu F, Dong H, Zhang L, Li X, Meng X, Zhang W, Xiong L, He Y, Wang S, Yu S, Xu C, Luo J, Li X, Xiao J, Lian X*, Zhang Q*.Breeding signatures of rice improvement revealed by a genomic variation map from a large germplasm collection.Proc Natl Acad Sci USA, 2015, 112: E5411-E5419 (IF 9.7)
  3. Zhao H, Yao W, Ouyang Y, Yang W, Wang G, Lian X, Xing Y, Chen L,Xie W*.RiceVarMap: a comprehensive database of rice genomic variations. Nucleic Acids Res, 2015, 43: D1018-1022 (IF 9.1)
  4. Wang Q#,Xie W#, Xing H, Yan J, Meng X, Li X, Fu X, Xu J, Lian X, Yu S, Xing Y, Wang G*.Genetic Architecture of Natural Variation in Rice Chlorophyll Content Revealed by a Genome-Wide Association Study.Mol Plant, 2015, 8: 946-957 (IF 6.3)
  5. Chen W#, Gao Y#,Xie W#, Gong L#, Lu K#, Wang W, Li Y, Liu X, Zhang H, Dong H, Zhang W, Zhang L, Yu S, Wang G, Lian X*, Luo J*.Genome-wide association analyses provide genetic and biochemical insights into natural variation in rice metabolism.Nat Genet, 2014, 46: 714-721(IF 29.4)
  6. Yu H#,Xie W#, Li J, Zhou F*, Zhang Q*.A whole-genome SNP array (RICE6K) for genomic breeding in rice.Plant Biotechnol J, 2014, 12: 28-37 (IF 5.8)
  7. Chen H#,Xie W#, He H#, Yu H#, Chen W, Li J, Yu R, Yao Y, Zhang W, He Y, Tang X*, Zhou F*, Deng X W*, Zhang Q*.A High-Density SNP Genotyping Array for Rice Biology and Molecular Breeding.Mol Plant, 2014, 7: 541-553 (IF 6.3)
  8. Cai H#,Xie W#, Zhu T, Lian X*.Transcriptome response to phosphorus starvation in rice.Acta Physiol Plant, 2012, 34: 327-341 (IF 1.6)
  9. Xie W, Feng Q, Yua H, Huang X, Zhao Q, Xing Y, Yu S, Han B, Zhang Q*.Parent-independent genotyping for constructing an ultrahigh-density linkage map based on population sequencing.Proc Natl Acad Sci USA, 2010, 119: 151-164(IF 9.7)
  10. Wang L#,Xie W#, Chen Y, Tang W, Yang J, Ye R, Liu L, Lin Y, Xu C, Xiao J, Zhang Q*.A dynamic gene expression atlas covering the entire life cycle of rice.Plant J, 2010, 61: 752-766(IF 6.0)

專利

  1. 周發鬆,謝為博,喻輝輝,李菁,張啟發. 一種水稻全基因組SNP晶片及其套用. 專利號：2012100557753.
  2. 周發鬆,陳浩東,謝為博,何航,喻輝輝,唐曉艷,李菁,周君莉,何予卿,陳偉,張啟發,鄧興旺. 水稻全基因組育種晶片及其套用. 專利號：201380056318
  3. 謝為博,張啟發,練興明,王功偉. 一種基於受選擇位點指數評估動植物品種育種潛力的方法及其套用. 專利號：201510551134

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