計算機輔助蛋白質設計（CAPD）是指在蛋白質工程中，套用計算機技術，通過對已知的蛋白質順序、分子構象、結構與功能關係等數據的分機處理，預測和評估蛋白質改造中各種方案，做出最佳選擇，具體地講，是蛋白質工程中蛋白質設計的軟體的研究。
CAPD研究的內容也就是套用軟體的開發，包括數據分析處理算法的研究，蛋白質設計模擬模型的建立以及電腦程式編寫和軟體可用性的研究。
計算機在生物研究中的套用，除了一般性數據分析外，最早的是用於對蛋白質以及DNA順序中相似性的分析，隨後，有人開始DNA二級結構的分析。70年代以來，隨著計算機技術的發展和蛋白質順序、結構等方面數據的積累以及蛋白質工程的崛起，CAPD技術才有了迅猛的發展。目前，許多CAPD軟體已進入套用，CAPD技術日趨成熟。
CAPD在蛋白質設計中具有許多優越性，CAPD能夠分析各種改造方案，其容量和速度是人力所不能及的。CAPD能夠對各種改造方案做出比較、評估，當我們選擇的標準和積累的數據更準、更多時，CAPD對各種方案的預測也更加準確，其套用潛力也就越大。
