西南醫科大學康復醫學系是西南醫科大學下設的二級學院。
康復醫學系成立於2011年,是國家級康復醫學住院醫師規範化培訓基地、四川省康復治療師和康復專科護士規範化培訓基地、四川省醫學甲級重點學科(康復醫學)、中國康復醫學會重症康復專科培訓基地。有康復治療學本科專業、康復治療學第二學士學位專業和康復醫學與理療學專業碩士學位授權點。
康復醫學系共有教師81人,有教授、副教授12人,碩士研究生導師5人,博士7人(含在讀博士),碩士26人,四川省衛健委學術技術帶頭人1人,國家級學會常委1人,委員6人,省級學會會長和副主任委員3人。下設臨床康復醫學、物理治療學、作業治療學3個教研室以及康復醫學綜合實驗室。