西南科技大學農業科學技術研究院研究院，成立於2014年10月，2015年1月29日正式掛牌。成立農科院是西南科技大學“構建學校農學學科與相關學科間的協同創新體系，強化學科優勢”的重要舉措。西南科技大學農業科學技術研究院掛靠在生命科學與工程學院（農學院）。西南科技大學農業科學技術研究院下設綜合管理辦公室，有四川省生物質資源利用與改性工程技術中心、西南科技大學水稻研究所、西南科技大學小麥研究所、南科技大學（金富）家兔研究所、西南科技大學（鐵騎力士）畜禽養殖產業化技術研究院等研究平台、西南科技大學食品科學研究所等研究平台。
西南科技大學農業科學技術研究院將緊密圍繞農業種質資源創新與套用、農業現代生產技術與套用、農產品加工與農業生物資源利用三個學科方向，重點開展稻麥產業技術研發、兔豬羊產業技術研發、農業生物質功能產品（獸藥、有機肥等）研發三個產業技術科學研究，努力構建行業科技支撐平台、行業企業支撐平台、地方支撐平台三個行業能力支撐平台，著重建設學科科研隊伍、實驗平台、創新實踐基地三個創新能力支撐平台。
西南科技大學農業科學技術研究院的誕生是我校科技體制創新的產物，將在用人機制、共建產學研平台、協同創新、運行機制大膽創新和嘗試。農科院將按照國家農業基礎性戰略和農業現代化“四化同步”戰略要求，圍繞農業發展國家需求、產業需求和地方需求，顯著提升農科人才培養、學科建設、科技創新和產業服務能力，顯著提高學校農科特色優勢，努力建設成為特色鮮明的國家農業區域人才培養和科技創新基地。
