按照西南交通大學第十四次黨代會確立的建設軌道交通特色鮮明的綜合性研究型一流大學目標要求，學校於2015年7月在原科學技術處的基礎上成立了西南交通大學科學技術發展研究院（簡稱科研院）。
科研院設定綜合辦公室、基礎研究辦公室、基地建設辦公室、產學研合作辦公室與國防科研管理辦公室，另有軌道交通國家實驗室科技管理部、城市軌道交通研究院、汽車研究院、安全技術研究院與智慧財產權辦公室等5個掛靠科研機構。
科研院主管全校科學技術研究工作和科技創新能力建設發展，負責學校科研活動的組織、管理和服務，主要職責包括：學校科技發展規劃與科研政策的研究與制定、各級各類科研項目的策劃組織與全過程管理、科研基地建設與發展管理、科技合作規劃與管理、科技成果與智慧財產權管理，以及國防科研規劃與管理。
面對世界科技發展新挑戰與國家科技體制改革新局面，科研院秉承“管理即服務”理念，踐行“奉獻、開拓與互信”品質，恪守“全天候、無邊界、高時效”的理念， 努力提供一流科研服務，與全體師生、校友、科技工作者、以及廣大海內外朋友攜手合作，共創輝煌。
