蠶的基因組

蠶的基因組

家蠶是完成了基因組框架圖、精細圖和遺傳變異圖的少數物種之一。本書是作者團隊歷經十年研究所完成的家蠶基因組計畫的總結。

基本介紹

  • 書名:蠶的基因組 
  • 又名:The Genome Of Silkworm
  • 作者:夏慶友, 向仲懷
  • ISBN:9787030364081
  • 頁數:435
  • 定價:298.00元
  • 出版社:科學出版社
  • 出版時間:2013-3
內容介紹,本書目錄,

內容介紹

《蠶的基因組》系統闡述了家蠶基因組的結構與進化;家蠶基因表達及蛋白質組;家蠶重要蛋白質編碼基因家族及小RNA;家蠶變態發育、性別決定、免疫防禦、絲蛋白生物合成,以及食性與化學感受的分子基礎;家蠶基因功能研究平台技術;家蠶基因組資料庫等研究進展。
本書既可作為蠶學及昆蟲基因組和功能基因組研究的參考書,也可作為特種動物學、昆蟲學和生物學等學科研究生的教材。

本書目錄

第1章 家蠶基因組計畫
1.1 基因組計畫的產生和發展
1.1.1 人類基因組計畫
1.1.2 重要模式生物基因組計畫
1.2 家蠶基因組計畫
1.2.1 家蠶基因組計畫的提出
1.2.2 家蠶基因組框架圖
1.2.3 家蠶基因組精細圖
1.2.4 家蠶基因組遺傳變異圖
1.2.5 家蠶功能基因組學研究
1.3 家蠶基因組框架圖
1.3.1 家蠶基因組框架圖測序的策略
1.3.2 家蠶EST測序
1.3.3 家蠶基因組文庫構建及測序
1.3.4 家蠶基因組框架圖序列的組裝
1.3.5 家蠶基因組框架圖的注釋
1.4 家蠶基因組精細圖
1.4.1 家蠶基因組精細圖組裝策略
1.4.2 家蠶基因組精細圖的組裝
1.4.3 家蠶基因組精細圖序列的染色體定位
1.4.4 家蠶基因組精細圖的注釋
1.5 家蠶基因組遺傳變異圖
1.5.1 基因組遺傳變異圖
1.5.2 家蠶SNP研究
1.5.3 家蠶高精度遺傳變異圖構建策略
1.5.4 家蠶高精度遺傳變異圖的特徵
1.5.5 家蠶高精度遺傳變異圖的套用前景
第2章 家蠶基因組結構和進化
2.1 家蠶核基因組
2.1.1 家蠶核基因組的基本特徵
2.1.2 家蠶核基因組的組成
2.1.3 家蠶W染色體的結構特徵
2.1.4 家蠶基因組共線性
2.1.5 蠶的核基因組多態性
2.2 家蠶核基因組中的重複序列
2.2.1 家蠶串聯重複序列
2.2.2 家蠶轉座子
2.2.3 家蠶基因組中轉座子分布
2.3 家蠶線粒體基因組
2.3.1 家蠶線粒體基因組基本特徵
2.3.2 家蠶線粒體基因組結構
2.3.3 家蠶線粒體基因組與核基因組間的遺傳物質交換
2.3.4 蠶線粒體基因組多態性
2.3.5 蠶線粒體重組
2.4 家蠶起源進化研究
2.4.1 基於核基因組的家蠶起源進化研究
2.4.2 基於線粒體基因的家蠶起源進化研究
2.5 家蠶的馴化
2.5.1 基於核基因組的家蠶馴化研究
2.5.2 基於線粒體基因組的家蠶馴化研究
第3章 蠶的基因及其表達
3.1 家蠶的基因
3.1.1 家蠶的基因數目
3.1.2 家蠶蛋白質編碼基因
3.1.3 家蠶非蛋白質編碼基因
3.2 家蠶基因的功能注釋
3.2.1 家蠶基因功能的GO注釋
3.2.2 基於序列相似性的基因功能注釋
3.2.3 基於蛋白質結構域的基因功能預測
3.2.4 基於直系同源資料庫的基因功能注釋
3.3 家蠶全基因組表達圖譜
3.3.1 基因晶片原理
3.3.2 家蠶全基因組晶片的設計
3.3.3 家蠶組織基因表達譜的全基因組晶片分析
3.3.4 家蠶全基因組晶片和表達圖譜的套用
3.3.5 家蠶全基因組表達圖譜的其他分析策略
3.4 家蠶mRNA的選擇性剪接
3.4.1 mRNA加工中的選擇性剪接
3.4.2 家蠶mRNA的選擇性剪接
3.4.3 家蠶mRNA選擇性剪接的基因組分析
第4章 蠶的基因家族
4.1 基因家族的形成和進化
4.1.1 基因家族形成的分子機制
4.1.2 重複基因的命運
4.1.3 基因家族進化分析方法
4.2 家蠶鋅指蛋白基因家族
4.2.1 家蠶C2H2鋅指蛋白基因
4.2.2 鋅指偶聯結構域
4.2.3 家蠶C2H2型鋅指蛋白基因的染色體分布
4.2.4 家蠶C2H2型鋅指蛋白基因的亞家族
4.2.5 家蠶C2H2型鋅指蛋白基因表達譜
4.3 家蠶30K蛋白基因家族
4.3.1 家蠶30K蛋白基因的鑑定與分類
4.3.2 家蠶30K蛋白基因的表達特徵
4.3.3 家蠶30K蛋白基因的表達調控
4.3.4 家蠶典型30K蛋白的純化
4.3.5 家蠶典型30K蛋白的功能
4.4 家蠶同源盒子(Homeobox)基因家族
4.4.1 Homeobox基因的分類
4.4.2 家蠶Homeobox基因家族
4.4.3 家蠶Hox基因群
4.4.4 家蠶特異的Shx基因群
4.5 家蠶P450基因家族
4.5.1 家蠶細胞色素P450基因的注釋與進化
4.5.2 家蠶P450基因的染色體分布
4.5.3 家蠶P450基因內含子數目及分布
4.5.4 家蠶P450的表達特徵
4.5.5 家蠶P450基因的功能
4.6 家蠶表皮蛋白基因家族
4.6.1 家蠶的表皮
4.6.2 家蠶表皮蛋白基因家族
4.6.3 家蠶表皮蛋白基因的表達
4.6.4 家蠶表皮蛋白基因進化與功能
4.7 家蠶神經肽基因家族
4.7.1 家蠶的神經肽基因
4.7.2 家蠶成熟神經肽的預測
4.7.3 家蠶神經肽的序列特徵
第5章 家蠶絲氨酸蛋白酶及其抑制劑
5.1 家蠶絲氨酸蛋白酶
5.1.1 家蠶絲氨酸蛋白酶基因的鑑定與分析
5.1.2 家蠶絲氨酸蛋白酶的表達特徵
5.1.3 家蠶絲氨酸蛋白酶的功能
5.2 家蠶絲氨酸蛋白酶抑制劑
5.2.1 絲氨酸蛋白酶抑制劑的分類
5.2.2 昆蟲絲氨酸蛋白酶抑制劑
5.2.3 家蠶絲氨酸蛋白酶抑制劑的鑑定及表達特徵
5.2.4 家蠶胰凝乳蛋白酶抑制劑
5.2.5 家蠶胰蛋白酶抑制劑
5.2.6 家蠶其他絲氨酸蛋白酶抑制劑
第6章 家蠶變態發育的激素調控
6.1 家蠶變態發育與相關激素
6.1.1 家蠶變態發育
6.1.2 調控家蠶變態發育的激素
6.1.3 家蠶變態發育相關激素的分子結構
6.1.4 變態發育相關激素的滴度變化
6.2 家蠶蛻皮激素
6.2.1 Ecd的生物合成
6.2.2 Ecd的代謝
6.2.3 Ecd的信號轉導
6.3 家蠶保幼激素
6.3.1 JH的生物合成
6.3.2 JH的代謝
6.3.3 JH的信號轉導
6.4 家蠶變態發育相關的神經肽激素
6.4.1 腦激素
6.4.2 促前胸腺激素
6.4.3 滯育激素
6.4.4 其他神經肽激素
第7章 家蠶性別決定基因及分子機制
7.1 家蠶的性決定
7.1.1 W染色體
7.1.2 Z染色體
7.2 家蠶性別決定網路
7.2.1 家蠶性別決定同源基因
7.2.2 家蠶性別決定分子網路
7.3 家蠶性別決定的分子機制
7.3.1 Bmdsx的鑑定及其調控
7.3.2 Bmdsx上游調控因子的鑑定
7.3.3 家蠶Fem候選基因的克隆
第8章 家蠶免疫防禦的分子機制
8.1 家蠶基因組中的免疫相關基因
8.1.1 模式識別受體
8.1.2 免疫信號調節
8.1.3 信號轉導通路和關鍵因子
8.1.4 效應系統
8.1.5 其他免疫相關基因
8.1.6 免疫基因進化特徵
8.2 家蠶抗菌肽
8.2.1 編碼天蠶素(cecropin)抗菌肽的基因
8.2.2 編碼Moricin的抗菌肽基因
8.2.3 編碼葛佬素的抗菌肽基因
8.2.4 其他類抗菌肽基因
8.2.5 抗菌肽進化與功能分化
8.3 家蠶抗菌肽基因表達調控機制
8.3.1 組織特異性
8.3.2 免疫基因的調控元件
8.3.3 免疫基因的轉錄因子
8.3.4 抗菌肽表達調控網路
8.4 家蠶全基因組免疫應答
8.4.1 非病原細菌的免疫應答
8.4.2 病原細菌的免疫應答
8.4.3 NPV病毒的免疫應答
第9章 家蠶絲蛋白的生物合成
9.1 家蠶絲腺發生和生長
9.1.1 家蠶絲腺的發生
9.1.2 家蠶絲腺細胞的複製
9.1.3 家蠶絲腺的生長與激素調控
9.2 家蠶絲蛋白基因表達及調控
9.2.1 絲素基因
9.2.2 絲膠基因
9.2.3 tRNA基因
9.2.4 絲蛋白基因的轉錄調控
9.3 家蠶繭絲突變品種
9.3.1 繭絲合成突變品種
9.3.2 繭色突變品種
9.4 家蠶絲腺組織基因組表達譜
9.4.1 家蠶絲腺組織特異表達基因
9.4.2 絲腺與非絲腺組織共表達基因
9.4.3 家蠶前部/中部和後部絲腺差異表達基因分析
9.4.4 家蠶絲腺蛋白質組學研究
9.5 家蠶絲腺的改造與套用
9.5.1 利用轉基因技術培育彩色繭品種
9.5.2 利用轉基因技術改造蠶絲機械性能
9.5.3 利用轉基因技術在家蠶絲腺中表達有用蛋白
第10章 家蠶的食性與化學感受受體
10.1 家蠶的食性遺傳
10.1.1 家蠶的食性行為
10.1.2 家蠶取食行為影響因素
10.2 家蠶食性決定機制
10.2.1 家蠶食性突變的遺傳學研究
10.2.2 家蠶食性的生理學及分子生物學研究
10.3 家蠶化學感受信號傳導途徑中相關蛋白
10.3.1 家蠶氣味結合蛋白
10.3.2 家蠶感受神經膜蛋白
10.3.3 家蠶化學感受受體
10.3.4 家蠶氣味降解酶
10.4 家蠶對桑葉的適應機制
10.4.1 家蠶味覺感受系統對食物營養平衡的評估
10.4.2 家蠶消化系統內部反饋對食性決定的影響
第11章 家蠶小RNA
11.1 microRNA概述
11.1.1 microRNA的發現
11.1.2 microRNA的產生和作用機制
11.1.3 microRNA的功能
11.1.4 microRNA調節與激素調節
11.1.5 家蠶microRNA研究的必要性
11.2 家蠶microRNA的基因組鑑定
11.2.1 miRBase中的家蠶microRNA
11.2.2 家蠶microRNA的測序
11.2.3 家蠶特有的microRNA
11.2.4 保守的家蠶microRNA
11.2.5 表達量高於microRNA的microRNA*
11.2.6 家蠶let-7microRNA
11.2.7 測序讀數高於現在miRBase中已經報導的microRNA
11.2.8 家蠶基因組上的microRNA簇和microRNA同源體
11.2.9 家蠶microRNA在基因組上的位置
11.2.10 家蠶正義和反義microRNA
11.3 家蠶microRNA的時序表達
11.3.1 家蠶的變態發育過程和典型生物學特性
11.3.2 家蠶microRNA晶片設計
11.3.3 家蠶microRNA的全周期檢測
11.3.4 家蠶microRNA在胚胎髮育過程中的表達模式
11.3.5 microRNA在幼蟲的齡期和眠期節律性表達
11.3.6 microRNA在蛹變態過程中的表達模式
11.4 家蠶microRNA的空間分布
11.4.1 五齡第3天雌雄不同組織中microRNA的鑑定
11.4.2 microRNA的性別差異性表達
11.4.3 microRNA在變態組織中的動態表達模式
11.4.4 雙臂microRNA和正反義microRNA的差異表達和協同表達
11.5 家蠶let-7的表達和功能研究
11.5.1 異時性microRNA與相關功能
11.5.2 家蠶let-7的預測和序列特徵
11.5.3 bmo-let-7在家蠶幼蟲一齡眠末期開始表達
11.5.4 bmo-let-7在家蠶幼蟲階段的精細表達模式
11.5.5 bmo-let-7在家蠶蛹期變態過程中的表達模式
11.5.6 bmo-let-7在家蠶五齡第3天雌雄不同組織中的差異表達
11.5.7 bmo-let-7在家蠶變態組織中的時序表達
11.5.8 蛻皮激素對bmo-let-7的表達影響
11.6 家蠶的其他小RNA
第12章 蠶的蛋白質組
12.1 蛋白質組學及其分析技術
12.1.1 蛋白質組學——功能基因組研究的重要環節
12.1.2 蛋白質組學分析技術
12.2 家蠶蛋白質組學研究
12.2.1 家蠶蛋白質圖譜和質譜鑑定
12.2.2 家蠶比較蛋白質組學
12.3 家蠶重要功能蛋白質的鑑定
12.3.1 家蠶繭絲相關的功能蛋白
12.3.2 免疫機制關聯的功能蛋白
12.3.3 家蠶發育相關的功能蛋白
12.4 家蠶蛋白質組資料庫
第13章 家蠶功能基因組平台技術
13.1 家蠶功能基因組學研究平台
13.1.1 破譯家蠶遺傳密碼的“鑰匙”
13.1.2 對蠶絲產業的影響
13.1.3 作為模式昆蟲與害蟲模型
13.1.4 家蠶是重要的生物工廠
13.2 家蠶轉基因技術
13.2.1 家蠶轉基因技術的早期研究
13.2.2 基於piggyBac等轉座子的家蠶轉基因技術
13.2.3 其他家蠶轉基因技術
13.2.4 家蠶轉基因技術在基因功能鑑定中的套用
13.2.5 家蠶轉基因技術問題與展望
13.3 家蠶RNA干擾技術
13.3.1 RNA干擾的分子機制及其在家蠶的進化特徵
13.3.2 家蠶RNA干擾技術的建立
13.3.3 家蠶RNA干擾技術的套用
13.4 家蠶突變基因定位克隆技術
13.4.1 家蠶突變資源及遺傳圖譜
13.4.2 早期突變基因克隆
13.4.3 基於分子連鎖的突變基因定位克隆原理
13.4.4 家蠶突變基因定位克隆基本流程與方法
13.4.5 家蠶重要突變基因的定位與克隆
13.4.6 家蠶QTL定位研究
第14章 家蠶基因組生物信息資料庫
14.1 家蠶相關生物信息學資源
14.1.1 NCBI資料庫
14.1.2 家蠶EST資料庫
14.1.3 家蠶晶片資料庫
14.1.4 家蠶基因組資料庫
14.2 家蠶基因組資料庫SilkDB的訪問與使用
14.2.1 SilkDB資料庫信息瀏覽方法
14.2.2 SilkDB資料庫中的線上分析工具
14.2.3 SilkDB的更新與訪問
14.3 家蠶功能基因的信息發掘
14.3.1 家蠶Bmlark基因的EST電子克隆鑑定
14.3.2 Bmlark基因基本信息分析
14.3.3 Bmlark基因結構及染色體定位
14.3.4 Bmlark基因的基因表達分析
14.3.5 Bmlark基因功能推測

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