差別定價是指政府價格主管部門對符合資質的企業生產的特定藥品的定價行為，即在執行統一定價原則的基礎上，對特定藥品根據藥品質量高低制定不同的價格。定價的範圍仍然是政府定價藥品，實行最高限價管理，允許企業在最高限價內自主定價。
試行差別定價的主要意義在於激勵藥品研發創新，讓追求質量的企業得到合理的回報，促進新型藥品的研發和生產。同時通過價格手段扶強汰弱，加速推進醫藥企業的整合，實現醫藥產業做大做強的發展目標。
藥品差別定價不等同於公立醫院“差別加價”，物價局強調這兩個概念的區別。“差別加價”是指醫院藥品銷售加成政策，即醫院按照藥品購進價格來進行差別加價，進價高的藥品加價率低一些，進價低的藥品加價率可以從高。
