清代以來薩迦達欽在薩迦寺及其附近一直保留有一小片管轄區，擁有夏布吉定孜東、班典孜、宇堅、卻嘎爾、定日帝東、布嘎爾等20多個溪卡。管理這一轄區的政權機構以薩迦達欽為首領，分僧俗兩個系統。宗教的系統稱為“孜”，包括薩迦達欽的經師和孜強佐、司膳、司寢、司祭三大堪布及措卓(傳達官)、醫生、侍衛、轎官、馬官等，負責薩迦達欽的學經、飲食起居及出行等。行政系統稱為“雪”，由薩迦佐巴(僧俗官都可擔任，薩迦人稱之為夏白，與拉薩人對噶倫的稱呼相同)1名主管，下設秘書長(仲譯欽莫)1人、副秘書長3人、掌庫房官2人、卓尼(知賓)4人，軍事官]人、雪森噶1人、普通俗官10餘人。分強佐列空、聶倉列空，譯倉等機構，負責攤派差稅、審理案件及任免官員、與地方政府聯繫等事務。薩迦政權在管轄的各溪卡中派有溪堆，管理各溪卡的事務。除薩迦寺外，薩迦達欽在阿里，前、後藏，康區還管理一些薩迦派的寺院，如青海玉樹的結古寺、囊謙、德格、桑耶寺所轄的饒迥扎倉、江孜的江堆德瓦堅寺，都由薩迦派遣堪布或喇貴前去管理。其中俄爾寺的堪布由薩迦提名，經噶廈報請達賴喇嘛批准後，才能任命。各派出人員任期屆滿返回時，要向薩迦達欽和各列空上交規定數量的財物。派往不丹的喇貴則要向薩迦上交大米。另外在薩迦寺設堪欽1人總管寺務，堪欽之下設有吉索康，負責薩迦寺的財物收支，供應各種法會所需物品及管理信徒所奉獻的布施等。
