萬奕含，2012年畢業於中國科學院生物化學與細胞生物學研究所，獲博士學位。後前往卡耐基研究所進行訪問學者研究，此後曾在美國國立衛生研究院癌症研究所進行博士後研究。於2022年1月入職西湖大學生命科學學院，任特聘研究員，博士生導師。主要研究方向為以單細胞、單分子動態轉錄組顯微成像技術為基礎，探索生命過程的隨機性（Stochasticity）和異質性（Heterogeneity）。
基本介紹
- 中文名：萬奕含
- 畢業院校：中國科學院生物化學與細胞生物學研究所
人物經歷,研究方向,所獲榮譽,代表論文,
人物經歷
2012年畢業於中國科學院生物化學與細胞生物學研究所，獲博士學位。
2012-2015年於卡耐基研究所 （Carnegie Institution for Science, Department of Embryology）進行訪問學者研究。
2015-2021年於美國國立衛生研究院癌症研究所 （National Institute of Health, National Cancer Institute）進行博士後研究。
研究方向
生命體的運轉、傳承與進化都離不開基於DNA序列的信息傳遞（基因表達），即DNA承載的遺傳信息通過轉錄、剪接、翻譯等過程，合成生物大分子，進而行使下游功能。基因表達是一個受到嚴格調控的複雜過程。自1940年起，人們通過生物化學、分子遺傳學和細胞生物學的手段逐步揭示了基因表達這一信息流傳遞的過程。近年來，高速發展的單細胞測序技術實現了在單細胞解析度上對全基因組基因表達狀況的高效測量，開啟了人們對基因表達的新認知。
然而即便如此，人們對基因表達過程的理解仍帶有明顯的局限性，即目前技術手段只能描述靜態樣本中參與基因表達的分子構成，諸如：順/反式調控元件，表觀遺傳狀態，生物大分子複合物構成，DNA和RNA的序列及其豐度等特徵，但是，對最基本生命行為的探索（即活細胞內基因表達的實時分子行為的觀測），仍缺乏必要的空間和時間（spatial & temporal）解析度，從而造成了認知維度的局限（dimension limitation）。
為實現維度拓展，我們建立了高通量單細胞、單分子（RNA/protein）活細胞成像及分析技術，實現了對人類內源基因表達的實時觀測（dynamic nascent RNA imaging）。這一系統具有開拓性的意義：其一，在準基因組水平上，該研究成功記錄了近千個基因新生RNA（nascent RNA）的動態生成過程，在單細胞RNA豐度信息基礎上增添了高解析度的空間/時間信息，推動了對基因表達現有認知維度的拓展。 其二，在活細胞中進行長時程的單分子實時追蹤，能夠詮釋生物大分子機器，如轉錄複合物和剪接體的運行機制及其隨機性（stochasticity）屬性。這一研究突破使得我們以全新的視角和深度認知生物遺傳信息傳遞過程。
單分子動態轉錄組是一個新興的領域，新的維度的拓展帶給我們新的思考：
- 生命體的譜系分化 是受到精準調控的過程，這一巨觀角度的有序調控同微觀水平單分子的動態隨機性是如何統一的？
- 如何在動態單分子的角度解釋生物大分子機器的運行機制？
- 全基因組關聯研究（Genome-Wide Association Study, GWAS）揭示90%以上的性狀相關的單鹼基多態性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）存在於非編碼區。我們能否通過單分子動態轉錄系統，突破傳統基因表達分析手段的局限性，揭示非編碼區SNP的生物學功能？
主要研究方向包括：
- 獲取全景觀的新生 RNA的動態綜合數據體;
- 探索生命機器的隨機性和細胞命運決定間的聯繫;
- 研究單分子水平上細胞轉錄複合物，剪接體的動態工作原理， 序列上的調控元件以及蛋白調控因子;
- 基於單分子動態轉錄系統，闡釋非編碼區SNP的功能及其與特定遺傳疾病的相關性。
所獲榮譽
曾獲SANOFI-SIBS Scholarship (2013)，NIH Fellows Award for Research Excellence (2018)，NCI Director’s Innovation Award (2019)。
代表論文
1. Yihan Wan, Dimitrios G. Anastasakis, Joseph Rodriguez, Murali Palangat, Prabhakar Gudla, George Zaki, Mayank Tandon, Gianluca Pegoraro, Carson C Chow, Markus Hafner, Daniel R. Larson. Dynamic imaging of nascent RNA reveals general principles of transcription dynamics and pervasive recursive splicing. Cell, 2021. 184(11): p. 2878-2895 e20.
2. Yihan Wan, Daniel R Larson. Splicing heterogeneity: separating signal from noise. Genome Biol. 2018 Jul 9;19(1):86.
3. Yihan Wan, Xiaobin Zheng, Haiyang Chen, Yuxuan Guo, Hao Jiang, Xiaonan He, Xueliang Zhu, and Yixian Zheng. Pre-mRNA splicing function of mitotic regulators links R-loop mediated DNA damage to p53-dependent tumor cell killing. J Cell Biol. 2015(209):235-246.
4. Yihan Wan, Zhenye Yang, Jing Guo, Qiangge Zhang, Liyong Zeng, Wei Sone, Yue Xiao, Xueliang Zhu. Misfolded Gβ is recruited to cytoplasmic dynein by Nudel for efficient clearance. Cell Res. 2012 Jul;22(7):1140-54.
5. Liyong Zeng, Yihan Wan, Dan Li, Jing Wu, Mengle Shao, Jiong Chen, Lijian Hui, Hongbin Ji and Xueliang Zhu. The m subunit of murine translation initiation factor eIF3 maintains the integrity of the eIF3 complex and is required for embryonic development, homeostasis, and organ size control. J Biol Chem. 2013 Oct 18;288(42):30087-93.
6. Hao Jiang, Xiaonan He, Shusheng Wang, Junling Jia, Yihan Wan, Yueju Wang, Rong Zeng, John Yates III, Xueliang Zhu, Yixian Zheng. A microtubule-associated zinc finger protein, BuGZ, regulates mitotic chromosome alignment by ensuring Bub3 stability and kinetochore targeting. Dev Cell. 2014 Feb 10;28(3):268-81.
