菏澤市農業環境保護站是菏澤市農業局直屬單位。
1、組織開展農業環境建設，推廣生態農業，發展農業環境保護產業。
2、負責農業資源保護區的規劃、建設和管理。
3、組織農業環境監測、農業環境質量調查、農業建設項目和涉農建設項目及基本農田保護區的農業環境影響評價。
4、組織指導農業生產對農業環境污染的預防和治理。
5、保護珍稀瀕危農作物、近緣野生植物等農業生物物種資源。
6、參與農業面源污染的調查和防治工作以及重大農業污染事故的調查處理。
7、宣傳及農業環境保護知識，組織農業環境科學技術研究和開發，推廣先進的農業環境保護技術。
8、依照法律法規規定行使的其他職權。
9、完成上級交辦的其他工作事項。
