1994年10月，由原菏澤市(縣級市)稅務局分設而成立，實行地方人民政府與上級地方稅務總局雙重領導，以地方政府領導為主的管理體制。機關內設7個職能科室：稅政科、涉外稅收管理科、徵收管理科、辦公室、政工科、財務科、監察室、稽查大隊（稽查分局）、直屬分局、及30餘個鄉鎮辦事處基層所。
1997年根據國家相關規定實行地稅部門垂直管理，人事、財政上收由省地稅局統一管理，機關內設8個職能科室：辦公室、政策法規科、徵收管理科、計畫財務科、人事政工科、監察室、信息管理科、納稅服務中心；以及直屬分局、稽查局、城區一分局、城區二分局、牡丹辦事處分局、小留分局、吳店分局、李村分局、呂陵分局、王浩屯分局、何樓分局、安興分局、沙土分局等13個基層徵收管理機構。
2010年，菏澤市地方稅務局牡丹分局進行了機構改革，現有8個職能科室：辦公室、政策法規科、徵收管理科、計畫財務科、人事政工科、監察室、信息管理科、納稅服務中心；2個基層分局：稽查分局、直屬分局；9個基層中心所：東城中心所、西城中心所、南城中心所、沙土中心所、安興中心所、小留中心所、吳店中心所、呂陵中心所、大黃集中心所。
2014年，因菏澤市行政體制改革，菏澤市地方稅務局牡丹分局征管轄區有所調整，共有9個職能科室：辦公室、人事科、監察室、機關黨委、納稅服務中心、收入核算和財務科、法規稅政科、征管和科技發展科、稅源管理科，2個直屬單位：直屬徵收局、稽查局，8個基層中心所：東城中心所、西城中心所、南城中心所、沙土中心所、安興中心所、小留中心所、吳店中心所、大黃集中心所。現有幹部職工361人，其中在職206人。
近年來，牡丹分局以鄧小平理論為指導，認真學習和實踐“三個代表”重要思想，牢固樹立科學發展觀，深入踐行黨的民眾路線教育實踐活動，堅持以組織收入為中心，狠抓制度創新、管理創新、機制創新，深化征管改革、規範稅收執法、最佳化納稅服務、強化黨建工作、加強黨風廉政建設，建設了一支紀律嚴明、作風優良、政治合格、業務過硬、執法規範的地稅幹部隊伍，受到了各級領導和社會各界的充分肯定和一致好評，先後榮獲全省地稅系統“六好基層單位”、省級文明單位、全省助殘工作先進集體、職業道德建設“十佳”單位、省檔案管理工作先進單位、市級文明機關、市青年志願服務先進集體、“人民信任單位”、組織收入工作先進單位、目標考核先進單位等稱號；連年在區政協民主評議和區行風評議活動中榮獲第一名。局辦稅服務廳被評為國家級“巾幗文明示範崗”；吳店中心所、東城中心所等4箇中心所被評為省級“青年文明號”。近年來，全區地稅系統共榮獲區級榮譽稱號142個，市級榮譽稱號265個，省級榮譽稱號24個，國家級榮譽稱號1個。
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