芷江基督教會原屬德國基督教內地會派，初為洪江教區管轄，後成立芷江教區。基督教自傳人芷江到解放前夕，其發展經過了初創、興盛、停頓三個時期。
1903。1924年為初創時期。清光緒二十九年(1903)七月，德籍牧師康滿偕同中國傳教士蕭某由長沙來芷江。初租西街邱世貴住房開辦布道所。光緒卅二年(1906)在東街購得舊木房3棟建立教堂，定名“福音堂”。清宣統元年(1909)，福音堂舉行首次洗禮，人教者不足10人。民國元年(1912)牧師包格非(德)受長沙內地會派遣來芷協助辦教，包來芷後，積極發展教徒，擴大教會勢力。1915年他親自赴晃縣傳教，並在晃縣龍溪口設立第一個分教堂。1920年，脫離洪江教區，自成立芷江教區，是時已擁有分堂6個。1924年，在南正街購地修建磚木結構可容千餘人禮拜的大教堂一座，更名為“福音總堂”(1956年因屬危房而拆除)。1925—1941年為興盛時期。1925年牧師賴永光在芷江病故，包格非接管全部教務後，選派36名布道員組成3個布道隊，分赴縣內鄉村及鄰近各縣廣為傳教，設立分堂和布道點。抗日戰爭爆發後，蘇、浙、豫、皖等地的難民湧入縣境，一些部隊、機關內遷芷江，外來教徒也轉入芷江教會，1941年，基督教在縣內發展到鼎盛階段，是年芷江教區已有分堂22個，布道點14個，祈禱所4個，教徒達2788人。分布於芷江、懷化(後設縣)、麻陽、黔陽、晃縣和貴州玉屏等2省6縣。先後來芷江教區布道、行醫的德、英、美、瑞士等西方傳教士達20餘人。1942。1949年為停頓時期。1941年底太平洋戰爭爆發，芷江教區德籍神職人員，被國民政府集中於廣西陽朔，後轉重慶等地監禁，教會由貴州鎮遠基督教英籍牧師樂克敦代管，除日常的“禮拜”等活動外，教會的發展工作處於停頓狀態，是年，晃縣境內各分堂也宣布獨立，組建成“晃縣總堂”。1945年抗戰勝利後，國民政府解除對德籍教士監禁，包格非加入美國籍後返芷，隨即又於1947年3月移交教務去美國定居。此後，教會便由本地傳教士潘馨遠、賀博平共同負責，直至中華人民共和國成立。1946年後，因外地教徒紛紛離芷返鄉，加之教會經費日趨緊迫，新教徒發展困難，教務活動也大為減少。基督教自傳人芷江後，做了一些募集資金，救災濟荒，辦學校開工廠收容孤兒，建醫院設診所開展醫療等慈善工作。新中國建立後，教會於1951年5月成立“三自革新運動促進籌備委員會”，芷江基督教從此脫離與外縣分堂的關係。1954年，“革新籌委會”更名為“芷江基督教三自愛國運動委員會”。1966年4月，受“文化大革命”衝擊，停止活動。1985年12月25日在東街教堂舉行復堂禮拜，至此恢復正常教務活動。1993年全縣共有基督教徒162名。
民國30年(1941)後，先後在茶峒、吉峒坪增設分堂，在衛城、排樓、獅子橋等地設布教點。每周星期天為禮拜日，基督教門徒齊集福音堂舉行禮拜、做禱告、聽牧師講道、讀誦《聖經》、唱讚美詩。每周單日晚上，福音堂對外開放，傳教布道，歡迎社會各界人士參加，並散發印有耶穌活動的畫片，送參加者作紀念。每周開展一次查經活動，討論《聖經》，輔以文藝活動，頗能吸引青年學生參加。此外，為配合傳教，還舉辦學校、敬老院及醫療衛生活動，吸引民眾，接收信徒。全縣入教教徒有100餘人，一般信徒300餘人。來縣傳教的牧師為外籍人，先後有何牧師、鮑牧師、何小姐、海愛義、譚約翰、譚路德、麥爾士等。“聖誕節”、“洗禮、“大禮拜”等重大活動，必須由牧師主持。傳教士主持一般“禮拜”活動，講誦《聖經》。永綏縣傳教士先後有孫楚生、劉詩祥、李子奇、田蘭珍等。建國後，牧師回國，傳教士改行，基督教活動停止。
