良種場財務管理財務管理是對財務活動所進行的計畫、控制、監督、調節等管理工作的總稱。
良種場的財務管理形式，在一定範圍內採取企業財務管理的力法進行。國家財政對良種生產實行預算內補貼制度。國家對良種場的事業費預算支出有良種示範繁殖場和園藝特產場的補助費；種畜場補助費列畜牧事業費水產資源調查繁殖保護費列為水產事業費；撥給的周轉金，用於對國營良種示範繁殖場、國營園藝特產場、國營種畜（禽、蜂）場、魚種苗場等的差額補助費和生產周轉。還以良種推廣費項目撥給農作物優良品種差價補貼、良種繁育、示範推廣的定額補貼、種畜場的良種推廣費。這些財政撥款的管理方式，原則上是按差額預算管理，但在良種場撥入資金、周轉金、基本建設撥款和貸款後，則採取了企業管理的方式進行管理：良種補貼視同價格補償計作收入；差額補助則以財務包乾的形式作為虧損補貼。
良種場的資金來源於預算撥款的事業費支出，但資金的運用從資金的儲備階段，生產階段到流通的周轉循環。固定資金以損耗價值的轉移和補償為特徵；周轉金（流動資金）有定額、周轉和循環；資金的分配以商品銷售收入抵償生產費用，扣除稅金後形成盈餘。
良種場財務管理要遵循經濟效益與社會效益兼顧的原則。國家要求良種場承擔著良種供應的任務，以良種生產為主的方針，同時又規定了良種經營上的“保本微利”。因此良種場必須兼顧社會效益與經濟效益。實行企業管理，必須實行經濟核算，努力提高經濟效益。還要實行分層管理和專責管理的方法。
國家對良種場實行財務包乾和內部承包責任制，為體現各方面的經濟利益以及經營成果，對良種場和承包單位、承包人要分別進行核算和管理，給予承包者以一定的財權，根據良種場實行農工商綜合經營的特點，實行財務管理的多種形式，按農工商各業的特點進行管理，同時又要有統一的要求，搞好綜合平衡。此外根據良種生產特點表現出來的資金周轉期長、占用形態不均衡，季節性明顯等，在資金管理上採取制定最低占用定額和季節性信貸相結合方式。
良種場承擔的專項事業任務在財務上按照專項事業費撥款形式進行管理，採取專款專用，以收定支，不計成本的辦法進行核算和管理。
