航次間接費用的分配和歸集是指遠洋運輸企業發生的間接費用，由航次分配承擔。
各項航次間接費用，包括船舶共同費用、貨櫃固定費用、船舶固定費用、船隊費用，應按航次成本計算的要求設定明細帳。船舶固定費用明細帳按船各設定；貨櫃固定費用明細帳、船舶共同費用明細帳、船隊費用明細帳單獨設定。平時，財會部門收到各項費用的原始憑證，經審核後，對發生的費用進行分析歸類，編制記帳憑證，登記所屬明細帳。每個月末，將航次間接費用分攤到當月的各個航次成本和船舶的短期出租業務中去。航次間接費用的分攤，按照下列的順序和方法進行：（1）貨櫃固定費用，根據貨櫃固定費用明細帳歸集的總額和全部船舶使用貨櫃的箱天數，求出每一箱天貨櫃固定費用，作為使用貨櫃船舶的已完航次、末完航次、船舶短期出租中，貨櫃固定費用分攤的計算基礎。某船某一航次的貨櫃固定費用分配，可按下列公式計算：
貨櫃固定費用分攤=貨櫃固定費用總額/全部航次的使用天數 X 該航次使用箱天數
這樣求得的貨櫃固定費用分攤，記入船舶航次費用明細帳的“貨櫃固定費用分攤”項內。（2）船舶共同費用，根據船舶共同費用明細帳歸集的總額和企業在冊船舶艘天（也可使用噸天或其他標準）的合計數，求出每一艘天船舶共同費用，作為各船的船舶共同費用分攤的計算基礎。某船的船舶共同費用分攤，可按下列公式計算：
船舶共同費用分攤=船舶共回費用總額/全部船舶天數X該船艘天數
求得的船舶共同費用分攤，記入船舶固定費用明細帳的“船舶共同費用分攤”項內。
（3）船隊費用，根據船隊費用明細帳歸集的總額和企業在冊船舶艘天（噸天），由企業各船舶分攤。船隊費用分攤的計算公式與沿海運輸成本船隊費用計算公式相同。求得的船隊費用分攤，記入船舶固定費用明細帳的“船費用分攤”項內。（4）根據上述（2）、（3）兩項分攤工作後，再以某船的船舶固定費用明細帳歸集的總額和該船的全月營運天數，求出每一營運天船舶固定費用，作為該船的已完航次，未完航次和船舶短期出租中，船舶固定費用分攤的計算基礎。某船某一航次的船舶固定費用分攤，計算公式如下：
船舶固定費用分攤=該船舶固定費用總額/該船全月營運天數營運天數X該航次營運天數
這樣求得的船舶固定費用分攤，記入船舶航次費用明細帳的“船舶固定費用分攤”項內。至此，當月已完航次、未完航次和船舶短期出租，分別計算出各自當月的全部運輸費用。接下來將當月的已完航次支出，加上以前月度的未完航次支出，就求得當月已完航次的航次成本。
