自淨效應一般指受污染的物體經本身的作用達到淨化或無害化的現象。分為環境自淨、水體自淨和土壤自淨。到污染的河流或其他水體，經過物理、化學和生物的作用，使排入水體的污染物的濃度隨水體向下游流動而自然降低，重新使水體中的各項水質指標(如細菌、溶解氧、生化需氧量等)及河流生物群恢復正常的自然過程。該過程常以生物自淨效應為主。
水體具有自淨效應的條件是:水體所受到的污染程度不超過其自身所具有的環境容量。(1)物理淨化:通過污染物的稀釋、擴散、沉澱等作用使濃度降低。(2)化學淨化:通過污染物的氧化、還原、吸附、凝聚等作用使濃度降低。(3)生物淨化:通過生物的作用使污染物濃度降低，特別是水中的異養微生物對有機物質的氧化分解在其中起主要的作用。
