總督衙門，機構名。河道總督的辦事機構。
清初河道總督有三，即：北河河道總督、南河河道總督及東河河道總督。
但北河總督歷時不久，乾隆十四年（1749）， 即由直隸總督兼理而不設專官，故清代實際僅存南河及東河二督。河道總督衙門亦按各省總督、巡撫衙門之例，署內不設佐雜屬員，應辦之事，主要依靠吏員處理。據光緒《大清會典事例》卷一四八所載，河道總督衙門置有書吏二十人，辦理署內一應文牘事宜。其他屬員及其內部組織情形不詳。鹹豐八年（1858） 南河總督被裁省，光緒二十八年（1902）東河總督亦被裁省。
總督衙門，機構名。河道總督的辦事機構。