約翰在羅馬城有強大勢力，他原來是參議院議員狄奧菲拉克圖斯公爵妻子狄奧多拉過去的情夫，深受他們的支持，於是約翰毫無顧忌的登上宗座，稱約翰九世。當他遇到塞爾吉烏斯的挑戰時，狄奧多拉親自動手，暗中糾集了一批同夥，乾脆將塞爾吉烏斯轟出羅馬。約翰九世則宣布革除塞爾吉烏斯的教籍（904年塞爾吉烏斯又成為合法教皇塞爾吉烏斯三世），開始了他2年的教皇生涯。
約翰九世原是教皇福爾摩蘇斯時期晉升的羅馬司鐸，他主持教廷工作，立即在羅馬和拉文納召開會議，再一次為福爾摩蘇斯昭雪，譴責司提反六世組織的”審判會議“撤銷其各項決議，並將被司提反六世免職的教士重新復職。
