糖胺多糖（glycosaminoglycan，GAGs）主要分硫酸化和非硫酸化兩種類型。前一類有硫酸軟骨素（chondroitin sulfate）、硫酸角質素（keratan sulfate）和硫酸肝素（heparan sulfate）等，分子較小；後一類為透明質酸（hyaluronic acid），為曲折盤繞的長鏈大分子，可長達2.5μm。小分子的糖胺多糖猶如試管刷上的鬃毛，與核心蛋白結合，並以核心蛋白為中心向外呈輻射狀排列，形成蛋白多糖亞單位。後者再通過結合蛋白結合於透明質酸主幹，形成蛋白多糖聚合體。
大量蛋白多糖聚合體形成有許多微孔的分子篩，允許水和營養物、代謝產物、激素、氣體分子等通過；而大於孔隙的大分子物質、細菌等則被阻擋，使基質成為限制細菌等有害物擴散的防禦屏障。溶血性鏈球菌和癌細胞等因能產生透明質酸酶，破壞基質結構，故得已擴散。
