第二次稅制整理是民國三年 (公元1914年) 6月北洋政府宣布第一次稅制整理方案停止實施,明令取消國家稅和地方稅的劃分,租稅仍歸各省財政廳直接管理,恢復地方向中央解款制後。除由外國人管理的關、鹽兩稅外。其餘各稅均為地方收入。為保證中央有可靠的收入來源,防止地方截留中央收入,又於1915年指定印花稅、菸酒牌照稅、菸酒稅 (附加稅) ,驗契稅和契稅等5種稅收為中央專款,建立“專款制度”。
因政局動盪,中央專款的內容屢有變更。到1919年1月以後,仍屬中央專款的,只有契稅、牙稅和礦稅3項。無論地方解款還是中央專項,都是以中央集權的鞏固為基礎的,因此,隨著地方割據勢力的加強,中央集權的削弱,地方解款日漸減少,中央專款多被截留,北洋政府的第二次稅制整理只是以失敗而告終。