移動界面型電泳是將被分離的離子(如陰離子)混合物置於電泳槽的一端(如負極)，在電泳開始前，樣品與載體電解質有清晰的界面。電泳開始後，帶電粒子向另一極(正極)移動，泳動速度最快的離子走在最前面，其他離子依電極速度快慢順序排列，形成不同的區帶。
第一個區帶的界面是清晰的，達到完全分離，其中含有電泳速度最快的離子，其他大部分區帶重疊。在確定的條件下，帶電粒子在單位電場強度作用下，單位時間內移動的距離(即遷移率)為常數，是該帶電粒子的物化特徵性常數。不同帶電粒子因所帶電荷不同，或雖所帶電荷相同但荷質比不同，在同一電場中電泳，經一定時間後，由於移動距離不同而相互分離。。
