2013年4月17日，福建農林大學與古田縣簽約，合作共建福建農林大學古田菌業研究院。 古田縣將投資近千萬元，在古田建設近3000平方米的科研辦公區，依託古田縣移民農業科技創業園建設100畝中試基地。研究院作為福建農林大學的科研教學輔助單位，具有招收研究生、優先承擔省部級課題及配套科研經費的資格。
9月11日下午，福建農林大學（古田）菌業研究院建設推進會在明德樓第二會議室召開，副校長黃一帆、古田縣人民政府副縣長肖澤敏出席會議。
菌業研究院負責人總結了研究院成立一年來的工作情況，並提出下一步主要安排。新農村發展研究院、生命科學學院、古田縣政府領導，就完善研究院運營機制、加強科研團隊建設、人才待遇、拓展研究服務領域、服務古田食用菌產業發展等方面進行了深入細緻的探討，雙方就進一步支持促進研究院的發展達成共識，希望通過努力，推動古田食用菌產業發展。
菌業研究院將充分發揮雙方的優勢和特色，構建教學、科研、生產、培訓為一體的創新基地。福建農林大學將選派一流的教師和研究生到菌業研究院開展教學、科研和培訓工作，爭取安排一流的科研成果在古田落地轉化。
