福建普惠金融研究院依託福建農林大學金融學科，由福建農林大學和福建省農村信用社聯合社共同發起成立。福建普惠金融研究院實行聯席會議制度，由福建農林大學和福建省農村信用社聯合社牽頭，接受省金融辦的指導。由福建農林大學蘭思仁校長和福建省農村信用社聯合社余軍理事長共同出任聯席院長，由中國人民大學教授、福建農林大學“金山學者”講座教授馬九傑擔任研究院首席專家。
福建普惠金融研究院充分發揮福建農林大學金融學及相關學科的研究優勢，推動政府、高校、金融機構等多單位合作共建和協同攻關，搭建更合理的決策諮詢團隊、更開放的科學研究平台，圍繞國家推進普惠金融發展的重大戰略部署，針對福建省乃至全國普惠金融發展中具有全局性、戰略性、前瞻性的重大問題，為政府和金融部門發展普惠金融提供具有重要套用價值的決策諮詢和政策建議，創新管理體制機制，著力打造成為福建省普惠金融領域中具有引領作用和重要話語權的決策諮詢、人才培養、產品研發、科學研究、學術交流、宣傳普及等基地，在福建省地方智庫中能夠發揮中堅力量並成為全國高校智庫中處於領先水平的專業研究機構，最終成為立足福建、輻射全國、走向世界的開放型高端智庫。
福建普惠金融研究院致力於創新管理體制機制，通過政府、高校和金融機構共建的方式，整合各方優勢，改革組織管理、人事管理、經費管理、內部分配等制度，形成“合作共建、機構開放、人員流動、內外聯合、協同創新、產學研一體化”的運行機制。
福建普惠金融研究院現有22位教授、15位副教授、16位講師、30多位博碩士研究生，初步凝練形成了具有農村普惠金融研究特色的研究方向，包括農村普惠金融、數字普惠金融、小微金融、“三農”保險和保障等，先後承擔國家自然科學基金、國家社科基金、教育部人文規劃基金、省科技廳、省社科規劃等省級以上項目90多項，在核心期刊上發表論文200多篇。取得了一批具有相當特色和一定影響力的科研成果，多項相關研究成果被省部級以上相關部門採用或獲得省部級以上領導批示。
福建普惠金融研究院積極加強對外交流與合作，目前與中國人民大學、美國康奈爾大學、美國伊利諾伊大學、美國德州農工大學、美國佛羅里達大學、英國杜倫大學、紐西蘭林肯大學等國內外著名高校，紐西蘭林肯大學-尤努斯社會商業研究中心、中國普惠金融研究院等著名智庫保持密切交流合作關係。
福建普惠金融研究院目前擁有300多平方米的辦公場所，包括首席專家工作室、常駐工作人員辦公室、會議室、資料室、學術報告廳等。
