2002年，福建工程學院組建伊始，以原福建職業技術學院計算機工程系與原福建建築高等專科學校計算機教研室合併，組建了計算機與信息科學系，同年，招收了90位計算機科學與技術四年制本科專業學生。經過近8年的建設與發展，辦學水平不斷提升。
規模與師資,系中心實驗室,科研,質量工程建設,合作辦學,學科競賽,
規模與師資
1、辦學規模與師資隊伍
現開設有計算機科學與技術、信息管理與信息系統、網路工程和軟體工程等4個本科專業，全日制在校學生1798人，其中本科學生1499人。擁有一支愛崗敬業、教育經驗豐富的適合培養套用型本科高級工程人才的師資隊伍，全系專任專業教師66人，其中教授、副教授等具有高級專業技術職稱的教師16名，博士及博士後8名，博士生4名，85%以上的教師擁有碩士及碩士以上學位。設有計算機系統結構、計算機網路工程、信息工程、計算機軟體與理論、計算機基礎等教研室、計算機系中心實驗室和計算機套用技術研究所。
系中心實驗室
2008年6月，計算機系中心實驗室被確定為福建省高校實驗教學示範中心，現有面積4170平方米，下設11個實驗分室。中心實驗室現有儀器設備總值800萬元，近3年採購的設備達280萬元。此外，我系已與星網銳捷網路公司、榕基、多家知名IT企業簽訂實習基地共建協定，建立了長期友好合作關係，使我系學生在擁有良好的工程實驗和實訓條件的同時，提升了學生在就業市場上的綜合競爭力。
計算機與信息科學系中心實驗室
科研
辦學以來，承擔了多項省、廳級科研與教改課題，8人教師在各類學術機構中任職，高水平訪問學者7人，主編或參編教材17部，獲獎成果11項，取得相關專利4項。近年來發表論文277篇，其中被SCI、EI、ISTP收錄的論文有57篇。近年來已完成和在研科研項目近100項。為培養套用型計算機與信息高級專門人才提供了良好的支撐。
質量工程建設
計算機與信息科學系高度重視質量工程建設，並取得了一系列的成果：計算機實驗中心被評為福建省高校實驗教學示範中心；計算機套用技術為校重點學科；計算機科學與技術專業為校重點（特色）專業；計算機科學與技術教學團隊為校級教學團隊；擁有“計算機科學與技術類套用型人才培養模式創新實驗區”、“套用型本科計算機公共基礎教育人才培養模式創新實驗區”和“信息管理與信息系統套用型人才培養模式創新實驗區”等三個校級套用型人才培養模式創新實驗區和4門校級精品課程等。
合作辦學
我系高度重視產學研校企合作辦學，並取得初步成效。
（1）為企業開發了高性能工業噴碼機、ERP、基於千兆網的LED同步控制系統、等產品已進入市場。
（2）與我國著名的網路設備“三大”品牌製造商星網銳捷網路公司開展卓有成效的合作：2010屆畢業生中有35位同學在該公司的研發部門進行畢業實習、畢業設計和崗前培訓，有近30位同學被錄用；我系已成為該公司的崗前培訓基地；我系師生將參與該公司網路設備出廠自動測試項目的方案設計、實現和實施，並有望聯合組建自動測試實驗室，目前有3位青年教師和45位2007級的學生參與此項目，為提高青年教師的工程實踐能力和技術開發能力提供良好的平台，同時，為學生高質量就業創造極其有利的條件。
（3）與企業聯合申報課題
（4）建立了一批包括新大陸軟體工程有限公司、福建榕基軟體開發有限公司、福建富士通信息軟體有限公司、福建敏訊信息技術有限公司、福州鑫諾通訊技術有限公司、福建實達系統集成有限公司、福建銳思軟體開發有限公司等21家實習基地。
（5）成功加入了Freescale（原摩托羅拉半導體部）公司在中國進行的全國僅有50餘所大學參加的大學計畫，已完全免費獲得價值近20萬的40套實驗設備，且今後還將繼續獲得相關設備和技術支持。
（6）與Cisco公司合作，建立了“Cisco網路學院”。
（7）與中國電子技術協會嵌入式分會簽訂協定，成為嵌入式工程師認證考試點。
學科競賽
積極組織學生參加各類科技競賽，大力開展大學生科技創新活動。在教育部主辦的“瑞薩超級MCU模型車大賽”、ITAT教育工程就業技能大賽、福建省軟體設計大賽、“福富軟體杯”大學生軟體設計大賽、全國大學生數學建模競賽、全國及省大學生電子設計、全國大學生物流設計大賽、全國及省大學生英語競賽等學科競賽中均取得優良的成績。連續四年獲得校科技節優秀組織獎。近年來，共獲得校級以上各類科技競賽獎80餘人次，在由教育部教育管理信息中心主辦的2007年第三屆、2008年第四屆和2009年第五屆“瑞薩超級MCU模型車大賽”中，在有多所“985”和“211”知名大學參賽的情況下，我系代表隊憑藉強大的實力，以第1名的成績獲得一項一等獎，以第2、4名的成績獲得二項二等獎，同時獲得三項三等獎，綜合成績位列福建省各參賽高校首位。在福建省第一屆軟體設計比賽中，有1隊2人次獲得二等獎；在福建省第二屆軟體設計比賽中，有1隊2人次獲得一等獎，有1隊3人次獲得三等獎；特別是在2007年福建省“福富杯”軟體設計大賽中，在包括有本省主要老本科研究生和本科生參與的情況下，在進入決賽的30支代表隊中，我系占了10支，並最終獲得1個一等獎（總共只有2個），2個三等獎，總成績位於首位。
