短穗蛇菰是一種肉質草本，具多年生或一次結果的習性。
根莖分枝或不分枝，表面具疣瘤、星芒狀皮孔和方格狀突起，皺褶或皺縮，很少平滑或僅有小凸體。鱗苞片無柄，肉質、膜質或草質，互生、旋生、互動對生、近對生或近二列，很少輪生。肉穗花序僅具單性花或雌花、雄花同株（序），花莖直立，通常圓柱狀；花小，有梗或無梗；花序軸卵圓形、球形、穗狀或圓柱狀，常具色，雌雄花同株（序）時，雄花與雌花混生，但常見雄花位於花序軸基部；雄花較大，下部常有短截形的苞片；花被管圓筒狀，堅實，花被裂片3-6，卵形至披針形或近圓形，內凹，同形，偶異形，在芽時呈鑷合狀排列，花期開展或外折；雄蕊常與花被裂片同數並彼此對生，通常聚生成聚葯雄蕊，花絲離生或合生呈短柱狀，花葯3-6枚或更多，在雄蕊數目較多時則花葯縱裂或橫裂而形成多數的小藥室，花粉近三角狀球形，很少橢圓狀，平滑或呈泡狀；雌花密集於花序軸上，無花被，子房橢圓形或紡錘形，壓扁，1室，兩端漸狹，基部有時具短柄，胚珠倒生，花柱細長，宿存，附屬體遠比子房大，棍棒狀或鑽狀，很少呈線形而頂端略大，與子房混生或基部與子房柄貼生。果堅果狀，外果皮脆骨質。
