瞬時表達，即瞬時轉染後的初期，質粒或DNA片段是游離在細胞中的，能夠進行表達，稱為瞬時轉染表達。隨後，游離在細胞中的質粒或DNA片段有兩種歸化，一種是被降解，還有一種是插入染色體中而能夠持續地穩定地表達。
在載體選用方面，瞬時表達可以不需要篩選標籤，如常用的NEO抗G418等，但使用穩定表達的載體亦可以用來進行瞬時表達。
植物瞬時表達系統
當外源基因導入植物細胞中以後，其表達方式有瞬時表達（transient expression）和穩定表達（stable expression）兩種。在瞬時表達狀態的基因轉移中，引入細胞的外源DNA和宿主細胞染色體DNA並不發生整合。這些DNA一般隨載體進入細胞後12小時內就可以表達，並持續約80小時左右。在穩定表達狀態的基因轉移中，導入宿主細胞的DNA整合到細胞染色體DNA上，以永久形式存在，並可傳給後代，形成穩定的轉化細胞。基因的導入方法可分為間接轉基因方法和直接轉基因方法。
植物瞬時表達系統在啟動子分析、基因功能分析和生產重組蛋白方面用途廣泛。並且具有如下優點：①簡單快速。轉化基因可在轉化的一周內進行分析，避免了組織培養等繁雜過程；②表達水平高。當單鏈的T-DNA進入植物細胞後，許多未整合到植物基因組中的游離外源基因同樣可以表達。③安全有效。不受植物生長發育過程的影響，不產生可遺傳的後代，結果可靠直觀，不存在基因漂移的風險。常用基因槍轉化和農桿菌真空滲透法
