《甲型流感病毒基因組信息分析及套用算法研究》是依託湖南大學，由蔡立軍擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：甲型流感病毒基因組信息分析及套用算法研究
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：蔡立軍
- 依託單位：湖南大學
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
基因序列的生物信息分析已成為病毒研究的重要手段,本項目將現代信息學方法和系統生物學方法套用於甲型流感病毒序列的比較、突變分析、進化分析以及功能蛋白序列信息的提取：分別給出病毒序列和蛋白序列的帶可調控參數的圖形表示，將序列數值化並探索其生物意義；利用圖形表示構造協方差矩陣和基因段相關係數來比較病毒序列之間的相似性，基於相似性距離矩陣，利用模糊理論分別給出分類算法和進化算法，分別探索低致病力和高致病力甲型流感病毒進化圖譜的拓撲特徵；用幾何方法來定義重複序列、基因重排和反轉，利用向量來判斷變異類型和變異位置，刻畫甲型流感病毒基因組中變異最頻繁的關鍵基因的特徵；用特性向量來表示胺基酸，利用向量來初步判斷病毒的致病力並計算胺基酸之間的相關性，從物理和化學性質上解釋胺基酸相關性的起源；給出方法從已知蛋白質序列中找出功能化學成分，用公式把它們表示為規則，利用胺基酸特性值和規則有效地提取蛋白序列信息。
結題摘要
基因序列的生物信息分析已成為病毒研究的重要手段,本項目將現代信息學方法和系統生物學方法套用於甲型流感病毒序列的比較、突變分析、進化分析以及功能蛋白序列信息的提取：分別給出病毒序列和蛋白序列的帶可調控參數的圖形表示，將序列數值化並探索其生物意義；利用圖形表示構造協方差矩陣和基因段相關係數來比較病毒序列之間的相似性，基於相似性距離矩陣，利用模糊理論分別給出分類算法和進化算法，分別探索低致病力和高致病力甲型流感病毒進化圖譜的拓撲特徵；用幾何方法來定義重複序列、基因重排和反轉，利用向量來判斷變異類型和變異位置，刻畫甲型流感病毒基因組中變異最頻繁的關鍵基因的特徵；用特性向量來表示胺基酸，利用向量來初步判斷病毒的致病力並計算胺基酸之間的相關性，從物理和化學性質上解釋胺基酸相關性的起源；給出方法從已知蛋白質序列中找出功能化學成分，用公式把它們表示為規則，利用胺基酸特性值和規則有效地提取蛋白序列信息。
