生物序列數值化表征模型的矩陣分解方法及其套用

內容簡介

本書以生物序列的數值化表征模型所涉及的矩陣分解為核心，以序列的特徵信息提取為主要目標，在非序列比對(Alignmentfree)的框架下，分別提出了針對DNA/蛋白質序列、基因組序列等的若干個不同的特徵信息抽取模型，並將所抽取的特徵信息套用於序列的相似度分析.本書取材廣泛，內容新穎，理論與套用緊密結合.書中所介紹的生物序列的建模方法、矩陣分解抽取其特徵信息的研究策略，可供讀者在解決實際問題時予以借鑑.

本書適合生物信息學、圖像處理、信號處理等領域有關科研人員參考使用.

本書能夠順利地出版，得益於安徽省教育廳自然科學研究重點項目的資助，項目名稱為：保序映射算法在序列相似性分析中的套用研究。

圖書目錄

前言(Ⅰ)

第1章緒論

1.1生物信息學海量數據的產生背景

1.1.1生物信息學簡介

1.1.2兩種基本的生物序列

1.2生物序列比對概述

1.3基於序列比對的系統發育樹構建方法

1.3.1分子進化研究的基本方法

1.3.2構建系統進化樹的詳細步驟

1.3.3構建系統發育樹需要注意的幾個問題

1.4生物序列數值化表征模型的矩陣分解方法的研究背景

1.4.1序列圖形化表征

1.4.2基因組序列數值化表征及套用

1.4.3蛋白質序列數值化表征及套用

1.4.4有關K-mer的算法概述

1.5本書的內容安排

第2章基於矩陣束聯合對角化的DNA序列圖形化表征及其套用

2.1DNA序列的圖形化表征方法概述

2.2DNA序列的描述符

2.2.1相關的一些工作

2.2.2構建序列的鄰接矩陣

2.2.3矩陣分解理論簡介

2.2.4有關矩陣對角化的理論

2.2.5近似聯合對角化（AJD）

2.2.6算法的保距性

2.3圖形化表示法

2.3.1計算特徵值組成的序列表征向量（EVV）

2.3.2AJD算法收斂性分析

2.3.3基於特徵值組成的表征向量（EVV）的序列圖形聚類

2.4相似度分析

2.4.1聚類分析基本原理

2.4.2計算成對距離

2.4.311條β球蛋白基因的系統譜系分析

2.4.4與相關工作的比較

2.5本章結論

第3章基於SVD的基因組序列保序變換及其套用

3.1DNA序列數值描述符

3.2從基因組序列向數值向量的保序變換

3.2.1基因組序列變換矩陣的構建

3.2.2所提出的序列變換算法具有的良好性質

3.2.3保序變換奇異值分解(OPT-SVD)算法的過程描述

生物序列數值化表征模型的矩陣分解方法及其套用

基本介紹

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