甘肅中醫藥大學體育健康學院前身是體育藝術課部，成立於2013年9月，下設綜合辦公室、教學科研辦公室、學生綜合管理辦公室、公共體育教學部、體質監測中心、體育場館與器材管理中心。現有教職員工17人，其中教授1人，副教授5人，講師8人，碩士學歷6人，工勤及人事代理3人。
體育健康學院承擔著全校公共體育課的教學與科研工作，組織學校大型體育活動，並承擔學校體育代表隊的訓練、比賽等任務；2016年，公共體育教學實行俱樂部教學模式，有籃球娛樂部、排球俱樂部、足球俱樂部、羽毛球俱樂部、桌球俱樂部、健美操俱樂部、瑜伽俱樂部、武術俱樂部、跳繩俱樂部9類。
