珠海復旦創新研究院按“雙基地”模式建設，在珠海市和復旦大學同時掛牌。“復旦基地”負責組織、支持學校相關專家教授、創新團隊對接珠海發展需求；“珠海基地”負責承接和落實復旦大學相關研發成果的轉移轉化。
珠海復旦創新研究院聚焦建設具有國際影響力的工程技術研發平台、企業孵化平台與技術人才培養平台，並根據珠海發展需求逐步拓展合作領域。
珠海復旦創新研究院研究院職能：
1.人才服務
珠海復旦創新研究院基於珠海市對人才引進、科技創新、產業升級的發展規劃，圍繞復旦大學對人才培養、科學研究、成果轉化的需求，成立人才服務辦公室，通過與復旦大學合作共建廣東省博士後創新實踐基地、引進“千人計畫”專家團隊創新創業、成立院士工作站、引進高級職稱專業技術人才等工作，不斷地發掘人才、引進人才、培養人才，為研究院提供有力的人才支持。
2.科技成果轉化與技術轉移
珠海復旦創新研究院成果轉化與技術轉移辦公室負責公共服務創新平台、新型研發機構、工程技術中心等相關管理工作，旨在將復旦大學及其他高校優秀的科研成果在珠海落地轉化，立足珠海，輻射粵港澳大灣區，利用技術支撐，培育一批珠海高新技術企業。成果轉化與技術轉移辦公室下設五個公共服務創新平台。
3.投融資管理
珠海復旦創新研究院下設投融資管理辦公室，負責投資項目的篩選、洽談、管理與評估，同時負責設立珠海復旦創業投資基金，用於投資研究院孵化項目和相關領域具有核心競爭力和成長潛力的科技項目，主要聚焦人工智慧、生物醫藥、智慧型製造、晶片設計等高新技術領域。
4.產業引進與發展
珠海復旦創新研究院產業發展辦公室主要承擔研究院的產業引進工作，通過與項目創始團隊的接洽調研、舉辦行業交流展會、與國內外優質企業和產業孵化聯盟建立廣泛的戰略合作等多種方式，為引進企業提供專業的服務。目前已引進多家優質企業，並與廣藥白雲山化學製藥（珠海）有限公司共建珠海橫琴小分子新藥研發中試基地。
5.復旦基地項目孵化
為加快推動復旦基地產學研項目在珠海落地，特成立珠海復旦創新研究院上海辦公室。辦公室秉持“服務項目和人才”的目標，服務復旦大學和長三角的創業團隊，挖掘和推薦新興項目，展示珠海的創新成果和創業環境，推薦各類人才到珠海創新創業，滿足珠海對產業和人才的需求，推動項目在珠海落地與創新成果轉化。目前，已成功引進復旦大學科研項目15個，並挖掘新項目7個，涉及航空航天、生物醫藥、電子信息、新材料等多個研究領域。
