王亞東(哈爾濱工業大學計算機學院、軟體學院院長)

王亞東，男，教授，博士生導師；哈爾濱工業大學計算機科學與技術學院院長，軟體學院院長；國務院學位委員會學科評議組成員，國家863計畫生物和醫藥領域委員會專家，國家863計畫生物信息技術主題專家；國家科技重點專項生物安全計畫專家組專家；黑龍江省政協常委。

主要研究生物信息學、人工智慧、知識工程、機器學習等。具體包括：基因組數據分析算法、數據可視化、知識挖掘與整合、網路分析、生物醫藥領域搜尋等。

2001年，王亞東教授在我國率先開展生物信息學的研究，成為我國第一批生物信息學專家；近十五年來，推動了我國863計畫一系列生物信息技術重大研究計畫的論證、規劃與實施工作；作為我國生物信息學領域的資深專家，有力地推動了我國生物信息技術的發展，並為我國基因組科學、計算機科學等相關領域的發展做出了重要貢獻。

基本介紹

• 中文名：王亞東
• 國籍：中國
• 民族：漢族
• 職業：教授，博士生導師
• 畢業院校：哈爾濱工業大學
• 性別：男

任職情況

• 國務院學位委員會學科評議組成員
  
• 曾任國家863計畫生物和醫藥領域委員會專家（2006-2011）
  
• 曾任國家863計畫生物信息技術主題專家（2001-2006）
  
• 國家科技重點專項生物安全計畫專家組專家；
  
• 中國人類遺傳資源管理條例起草組專家
  
• 中國衛生信息學會生物大數據專委會主任
  
• 中國計算機學會理事
  
• 《生物信息學》期刊編委
  
• 國家“863”計畫重大項目“生物大數據開發與利用關鍵技術研究”首席科學家（2015-2017）
  
• 國家“863”計畫重大項目“數位化醫療工程”首席科學家（2011-2015）
  
• 2016年IEEE生物信息學和生物醫學國際會議主席（2016 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Conference Chair）
  
• 2014年IEEE生物信息學和生物醫學國際會議共同主席（2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Conference Co-Chair and Program Co-Chair）
  
• 黑龍江省生物醫學信息技術與系統工程研究中心主任
  
• 哈工大-韓國SK生物醫學信息技術聯合實驗室主任
  

教育經歷

• 1982.09-1986.03 黑龍江大學計算機科學與工程系獲理學學士學位
  
• 1986.09-1989.03 哈爾濱工業大學計算機科學與技術系獲碩士學位
  

工作經歷

• 1989.03-1991.11 哈工大計算機科學與技術系 助教
  
• 1991.12-1996.06 哈工大計算機科學與技術系 講師
  
• 1996.07-2001.04 哈工大計算機科學與技術系 副教授
  
• 2001.05-至今 哈工大計算機科學與技術學院 教授
  
• 2005.06-至今 哈工大計算機科學與技術學院 博士生導師
  
• 2001.08-2001.12 哈工大計算機科學與技術學院 院長助理
  
• 2001.12-2010.11 哈工大計算機科學與技術學院 副院長
  
• 2011.01-2014.09 哈工大計算機科學與技術學院 院長
  
• 2014.09-至今 哈工大計算機科學與技術學院院長、軟體學院院長
  

研究方向

主要研究生物信息學、人工智慧、知識工程、機器學習等。具體包括：基因組數據分析算法、數據可視化、知識挖掘與整合、網路分析、生物醫藥領域搜尋等。

2001年，王亞東教授在我國率先開展生物信息學的研究，成為我國第一批生物信息學專家；近十五年來，推動了我國863計畫一系列生物信息技術重大研究計畫的論證、規劃與實施工作；作為我國生物信息學領域的資深專家，有力地推動了我國生物信息技術的發展，並為我國基因組科學、計算機科學等相關領域的發展做出了重要貢獻。

科研項目

王亞東教授主持完成國家科技重大工程、國家863計畫項目、國家自然科學基金、國際合作項目等20餘項；獲國家科技進步二等獎1項、省科技進步二等獎1項、省自然科學二等獎2項；國家863計畫重大項目“數位化醫療工程”（2011-2015）、“生物大數據開發與利用” （2015-2017）首席科學家。承擔的項目有：

1. 生物大數據表述索引、搜尋與存儲訪問技術，國家863計畫重大項目，2015.01-2017.12
   
2. 生物數字資源集成和信息服務關鍵技術研發, 國家863計畫項目，2014.01-2016.12
   
3. 醫療物聯網關鍵技術研究與設備開發及驗證, 國家科技重大專項，2013.01-2015.12
   
4. 醫療信息集成融合技術與系統開發, 國家863計畫項目，2011.01-2015.12
   
5. 個人健康信息獲取與管理技術研究，國家863計畫項目，2012.01-2015.12
   
6. 轉化生物信息學重大產品研製，國家863計畫項目，2012.01-2014.12
   
7. 哈爾濱工業大學-愛思開醫療信息技術聯合研究實驗室，國際合作項目，2011.01-2014.12
   
8. 基於新一代測序數據的基因組拼接組裝算法研究 ，國家自然科學基金，2011.01-2015.12
   
9. 基於個體基因組單核苷酸突變的等位基因轉錄調控模型研究，國家自然科學基金，2014.01-2017.12
   
10. 基於多參考基因組的高通量測序片段映射方法研究，國家自然科學基金，2014.01-2016.12
    
11. 基於生物數據融合的致病microRNA識別方法研究，國家自然科學基金，2012.01-2014.12
    
12. 人類複雜疾病相關的非編碼區調控性單核苷酸變異預測研究，國家自然科學基金，2014.01-2016.12
    

科研成果

1. 全球首創個人基因組瀏覽器Personal Genome Browser（PGB）

哈工大生物信息學研究團隊研發了全球首創的個人基因組瀏覽器（PGB）。用戶使用該系統可簡潔、直觀的瀏覽自己的個人基因組，實現認知自己基因組的夢想。該系統為世界提供了首個個人基因組數據可視化框架；同時，其集成了數十個基因型-健康表型知識庫，提供基於個人基因組的健康風險預測，成為個性化健康的支撐平台。該系統受到國際同行的高度評價：“You do a lot of great works to the world！”

2. 全球首創家系基因組瀏覽器（FGB，Family Genome Browser）

在個人基因組瀏覽器基礎上，哈工大生物信息學研究團隊研發了世界首個家系基因組瀏覽器（FGB）。用戶使用該系統可同時瀏覽一個家族的基因組；該系統提供了基因組變異分析、基因組全新變異（de novo mutation）檢測、基因組重組識別等基因組分析工具。該系統受到國際同行的高度評價：“This is an important and valuable contribution and authors use state-of-the-art software engineering.”

3. 基於圖索引的高通量測序片段比對算法deBGA

哈工大生物信息學研究團隊研發了基於圖索引的高通量測序片段比對算法deBGA。該算法創新性地建立了基因組的圖結構組織和索引，並在此基礎上設計實現了基於基因組圖索引測序片段快速比對方法。該算法利用基因組圖索引，有效地解決了大量測序片段向大量參考基因組比對的難題，並大幅降低了測序片段比對的時間代價，使高通量測序片段比對的速度相較於當前主流算法提升了數十倍。該算法獲得了國際同行的高度評價：“該工作向實現基於群體參考基因組的快速序列比對邁出重要一步，這將有望實現長期以來反覆討論但尚未實現的融合已知變異信息的序列比對方法。”

4. 面向海量基因組序列的索引算法deBWT

王亞東教授為學生授予學士學位

哈工大生物信息技術團隊研發了針對海量基因組數據的BWT索引建立算法deBWT。該算法採用基於de Bruijn圖分支路徑的創新性數據結構，有效解決了BWT索引建立過程中長重複後綴（suffix with long common prefix）的比較問題，並突破了基於增量策略（incremental approach）的BWT索引構建算法難以並行化的瓶頸，形成了高速、高度可並行化的BWT索引構建算法與系統。該算法獲得了國際同行的高度評價：“此項工作是基因組索引方面一項出色的理論貢獻，其產生的影響將不止於廣泛套用於基因組索引，也將延伸至其他相關套用中。”

承擔課程

生物信息學導論（本科生課程）

知識工程（研究生課程）

論文論著

在《Bioinformatics》(SCI,IF 5.766)、《Nucleic Acids Research》(SCI,IF 9.202)、《BMC Bioinformatics》(SCI,IF 2.435)、《Human Mutation》(SCI,IF 5.089)、《BMC Genomics》(SCI,IF 4.40)等國際著名期刊發表論文150餘篇。

1. Teng Mingxiang et al. Wang Y. regSNPs: a strategy for prioritizing regulatory single nucleotide substitutions. Bioinformatics. 2012
   
2. Liu B, Guo H, BrudnoM, Wang Y*. deBGA: read alignment with de Bruijn Graph-based seed and extension. Bioinformatics, 2017
   
3. Liu B, Jiang T, Yiu SM, Li J, Wang Y*. rMFilter: acceleration of long read-based structure variation calling by chimeric read filtering. Bioinformatics. 2017
   
4. Liu B, Gao Y, Wang Y*. LAMSA: fast split read alignment with long approximate matches. Bioinformatics. 2017
   
5. Liu B, Zhu D, Wang Y*. deBWT: parallel construction of Burrows-Wheeler Transform for large collection of genomes with de Bruijn-branch encoding. Bioinformatics, 2016
   
6. Liu B, Guan D, Wang Y*. rHAT: fast alignment of noisy long reads with regional hashing. Bioinformatics, 2016,32(11):1625-1631
   
7. Yongzhuang Liu, Jian Liu, Jianguo Lu, Jiajie Peng, Liran Juan, Xiaolin Zhu, Bingshan Li, Wang Y*. Joint detection of copy number variations in parent-offspring trios. Bioinformatics, 2015: btv707.
   
8. Jiajie Peng, Tao Wang, Jixuan Wang, Wang Y*, Jin Chen*. Extend Gene Ontology based on gene network data. Bioinformatics. 2016, Pages 1185–1194
   
9. L Juan, Y Liu, Y Wang, M Teng, T Zang, Wang Y*. Family genome browser: visualizing genomes with pedigree information. Bioinformatics, 2015: btv151.
   
10. Liu Y, Li B, Tan R, Zhu X, Wang Y*. A gradient boosting approach for filtering de novo mutations in parent-offspring trios. Bioinformatics. 2014 Mar 10
    
11. Jiang Yue, Wang Y*, Brudno Michael. PRISM: Pair-read informed split-read mapping for base-pair level detection of insertion, deletion and structural variants. Bioinformatics. 2012
    

任免信息

2017年5月17日，在民建黑龍江省九屆一次全委會議上，選舉王亞東為民建黑龍江省第九屆委員會副主任委員。