無錫市藍藻治理辦公室是無錫市水利局直屬單位。1、負責藍藻打撈與處理工作的規劃計畫、組織協調、技術指導、檢查督查、考核驗收;2、負責藍藻專業打撈與處理設施設備、技術的試驗、研發開發、推廣套用工作;3、負責藍藻水華監測、控制與資源化利用、無害化處理等藍藻治理技術與產品的試驗、研究和推廣套用;4、負責藍藻打撈與處理的業務技術指導與組織協調;5、負責國有資產的監督、管理和運行;6、具體負責市直屬打撈隊對其責任水域的藍藻打撈與處理工作;7、負責市政府下達的其它與藍藻治理有關的工作等。