伊斯蘭教於公元651年傳入中國，傳入瀋陽的最早文字記載則是現存於瀋陽故宮博物院的元朝至正十二年（1352年）修建瀋陽城隍廟的石碑陰文《瀋陽路城隍廟功德官員題名記》中“本廟營造……東至回回五哥院牆”的字樣。
瀋陽早期信仰伊斯蘭教的穆斯林只有回族，後來又有少量的維吾爾族、哈薩克族、塔吉克、柯爾克孜、東鄉等民族。全市穆斯林人數有近8萬人。
瀋陽的第一座清真寺是瀋陽清真南寺，由鐵奎（率吾）創建於清崇德元年（1663年），南寺現為遼寧省重點文物保護單位，是東北乃至全國馳名的大寺。全市共有清真寺23座，阿訇38人。各清真寺都成立了寺管會組織，負責本寺的教務及日常管理。
歷史上曾先後有張子文、朱岳坡、趙銘周等一些大阿訇在沈執掌教務活動。
