漠河市生態環境局是漠河市機構改革新組建的政府工作部門。按照《漠河市機構改革方案》,將市環境保護局的職責,以及市經濟發展和改革局的應對氣候變化和減排職責,市水務局的編制水功能區劃、排污口設定管理、流域水環境保護職責,市國土資源局的監督防止地下水污染職責,市農業和科學技術局的監督指導農業面源污染治理職責等整合,組市生態環境局,不再保留市環境保護局。