湖南農業大學水稻科學研究所成立於1997年1月，由原湖南農業大學作物遺傳育種研究室和水稻生理生態研究室合併組建而成。現有水稻遺傳育種、水稻栽培和種子科學與工程專業技術人員14人，其中博士生導師5人、正高職稱人員7人、具有博士學位人員5人、副高職稱人員2人、中級職稱人員2人。現有1350 m的科研大樓一棟、200 m的大型人工氣候室一個、1000 m的海南南繁住房一棟；80畝的校內試驗基地、1000 m的網室、海南有25畝租賃30年的新品種選育及本科生、碩士生、博士生畢業論文科研用地。
湖南農業大學水稻科學研究所在水稻育種、栽培及雜交制種領域取得較大突破，已有21項成果獲國家或省部獎勵，其中“水稻兩用核不育系C815S選育及種子生產新技術”2012年獲國家技術發明二等獎（（獨立完成單位）； “超級雜交早稻組合陸兩優996的選育與套用”2011年獲湖南省科技進步二等獎（主持單位）；“超級雜交稻“三定”栽培技術研究與套用”2010年獲湖南省科技進步獎一等獎（主持單位）； “水稻兩用核不育系C815S的選育及套用基礎研究”2009年獲湖南省技術發明一等獎（獨立完成單位）；“水稻兩用核不育系C815S的育成及套用技術與理論基礎研究”2007年獲國家教育部技術發明一等獎（獨立完成）；“水稻兩用核不育系培矮64S的選育及其套用研究”2001年獲國家科技進步一等獎（合作，第二完成單位）； “水稻大面積高產綜合配套技術研究與開發”2002年獲國家科技進步二等獎（合作，第二完成單位）；“兩系雜交水稻培兩優288的選育”1998年獲湖南省科技進步一等獎；“亞亞種間超高產雜交中晚稻組合汕優198的選育”1999年獲湖南省科技進步一等獎；“優質高產三系雜交稻新香優80的選育”2000年獲湖南省科技進步二等獎；“水稻快速清茬免耕栽培技術研究及物化產品套用”2003年獲湖南省科技進步二等獎；“水稻旺根壯桿重穗栽培法研究”1999年獲湖南省科技進步二等獎； “兩系雜交水稻高產保純制種技術研究”1998年獲湖南省科技進步二等獎。
湖南農業大學水稻科學研究所審定水稻品種（組合）67個，其中不育系12個；兩系雜交水稻組合35個； 三系雜交水稻組合15個；常規品種5個。審定品種產生了顯著的經濟效益和社會效益。
湖南農業大學水稻科學研究所“作物栽培制種中的光周期控制技術”、“水稻可視化生長模型及專家系統”、“作物複種的免耕直播技術”、“一種利用兩系法生產雜交早稻種子的方法”“水稻兩用核不育系一季加再生冷水串灌繁種技術”等8項技術獲國家技術發明專利。
湖南農業大學水稻科學研究所已完成國家及省級重點科研項目50多項，目前承擔國家及省級科研項目40餘項。發表學術論文300多篇，其中SCI 30多篇；一級學報50多篇。出版專著8部。已培養博士16人、全日制碩士36人；目前在讀博士生10人、全日制碩士28人；每年指導本科生畢業論文30篇。
