湖南省企業自主創新研究基地依託南華大學，在多年的研究中，研究中心形成了相對穩定的研究方向：
1）企業自主創新戰略研究
該研究方向綜合運用經濟學、戰略管理、創新管理、組織生態學、信息管理學、社會學和技術經濟學等理論，研究網路經濟環境下基於生態理論的企業自主創新戰略、產業集群協同創新、核電企業自主創新戰略模式等。基於企業和環境關係從被動適應到理性選擇的演化路徑，突破傳統對抗型競爭理論，從自然生態系統演化規律中尋找企業和諧發展的途徑，從價值網的角度重新審視企業的業務流程和自主創新模式，力求價值創新，以實現企業生態系統的共同生存、共同發展。
2）企業自主創新行為與風險研究
該研究方向從風險管理研究的角度出發，研究企業自主創新行為與自主創新技術風險、市場風險與技術損失風險等，重力於企業自主創新風險、企業自主創新組織創新風險與企業自主創新安全行為的研究，涉及企業自主創新風險發生演變機理、風險症狀識別、風險程度評價、風險預警及對策等研究。
3）企業自主創新機制與模式研究
該研究方向從知識管理的角度，以湖南省高新技術產業為研究對象，主要採用實證和實驗的研究方法，研究企業自主創新的基本機制和模式，重點關注企業自主創新的知識基礎及其相關的組織條件，形成了“企業內部的知識運行規律研究”、“影響知識管理效能的組織和環境條件”、以及“知識管理對企業自主創新績效的影響”等較為系統的研究體系，積累了較為豐富的研究成果，在國內處於前沿。
4）企業自主創新的社會責任核算與評價
該研究方向以具有自主創新能力和高自主創新意願的高新技術企業為研究對象，研究企業自主創新過程中應承擔的對員工、對消費者、對社區和環境的社會責任，包括遵守商業道德、保障生產安全和職業健康、保護勞動者的合法權益、保護環境、支持慈善事業、捐助社會公益、保護弱勢群體等，研究通過建立社會責任會計理論體系和社會責任指標評價體系來反映和監督此類企業所承擔的社會責任情況。
