湄洲灣職業技術學院自動化工程學院(原電子工程系)是學院首批重點建設的主幹系,2010年度自動化工程學院被莆田市教育局、莆田市人事局聯合授予“莆田市教育系統先進單位”稱號。
自動化工程學院已形成了以電氣自動化技術專業為龍頭,套用電子技術專業、樓宇智慧型化工程技術、工業機器人技術、港口物流及自動化為支撐的智慧型製造自動化專業群,輻射服務海西電子信息行業及自動化相關企業。電氣自動化專業為福建省高等職業教育示範專業,該專業獲“福建省高職專業建設質量評價”第二名。
據2018年7月學校官網顯示自動化工程學院有教職工30人,其中教授1人,副教授5人,高級工程師1人,高級實驗師1人,碩士21人,雙師型教師21位,外聘工程師和高級工程師8人。
自動化工程學院擁有實驗設備價值近900萬元的“中央財政支持的電工電子與自動化實訓基地”,電工電子與自動化實訓基地被評為省級生產性實訓基地,具有先進的電工、電子、供配電系統自動控制裝置、工業自動化控制、電子設計自動化、電力系統自動化、現代通信技術、智慧型樓宇控制、柔性自動化生產線等30多個實驗、實訓室。可進行高級工、技師和高級技師的培訓與鑑定。同時,與冠捷電子(福建)有限公司、莆田燃氣股份有限公司等大型企業建立13個校外實訓基地,為學生校外實訓提供有力的保障。