永正元年（1504），島立貞永築，原名深志城。
深志城處於中山道、北陸道、越後道的交通要道，因此是兵家必爭之地。天文十九年（1550），
武田信玄攻下深志城。
武田家占據了二十二年後，天正十年（1582），織田信長滅武田家，將此城占領。但不到一年，本能寺事變爆發，信長自焚。上杉景勝的家臣小笠原貞重取了深志城。改名為
松本城。
秀吉發動小田原之戰時，
小笠原氏歸順，被轉封到古河，新封入的石川數正築成了現在的松本城。
關原大戰後，小笠原氏再次入封，此後，戶田、松平、崛田、水野、戶田氏相繼入封。
