深度測序技術篩選中國人華法林劑量相關基因

《深度測序技術篩選中國人華法林劑量相關基因》是依託廈門大學，由葉輝銘擔任項目負責人的青年科學基金項目。

基本介紹

• 中文名：深度測序技術篩選中國人華法林劑量相關基因
• 項目類別：青年科學基金項目
• 項目負責人：葉輝銘
• 依託單位：廈門大學

項目摘要

華法林是臨床廣泛套用的口服抗凝藥，如何提高其療效增強安全性在臨床用藥上一直是個難題。華法林個體劑量差異的主要因素是基因因素。與個體劑量相關的華法林轉運、代謝、受體基因多態性是當前藥物基因組學的研究熱點之一。鑒於其他人種的研究數據不能直接用於中國人，因此篩選本國本民族的華法林劑量相關基因對於基礎研究和臨床套用至關重要。深度測序技術NGS在疾病相關基因篩查、SNP多態性篩選等方面有良好套用價值。課題組目前已建立了華法林個體化治療分子診斷研究樣本庫，採用生物信息學手段完成中國人華法林劑量相關候選基因的初篩，接下來擬套用NGS技術定向篩選特異的相關基因多態性，並建立適合臨床套用的中國人華法林個體化治療分子檢驗方案，最終用於臨床指導華法林個體化治療，達到減少副作用、降低醫療費用的目標。本研究也將為其他藥物的個體化治療分子診斷研究提供基礎和參考。

結題摘要

華法林是臨床廣泛套用的口服抗凝藥，如何提高其療效增強安全性在臨床用藥上一直是個難題。華法林個體劑量差異的主要因素是基因因素。與個體劑量相關的華法林轉運、代謝、受體基因多態性是當前藥物基因組學的研究熱點之一。鑒於其他人種的研究數據不能直接用於中國人，因此篩選本國本民族的華法林劑量相關基因對於基礎研究和臨床套用至關重要。本研究首先建立了規範化的研究樣本庫，作為課題研究的基礎，目前已收集樣本2700例，並發表樣本庫文章2篇，獲實用新型專利1項。然後，課題組利用生物信息學方法篩選、繪製、更新華法林代謝通路基因圖及其重要SNP與調控microRNA。課題研究中根據國內外研究進展，課題組更改研究方案，不再重複已發表研究使用高通量測序技術（NGS）進行基因多態性篩選的研究，而改為進行目標更明確的藥物代謝通路ADME晶片的篩選和甲基化表觀遺傳學標誌物的篩選。甲基化研究上，課題組套用Illumina 450K Infinium Methylation BeadChip晶片平台完成華法林低、中、高劑量者DNA甲基化差異位點分析，共篩選出748個顯著差異的DNA甲基化位點，差異基因與藥物代謝ADME通路基因取交集並進行聚類分析、GO和KEGG功能分析。ADME晶片研究上，篩選出37個華法林反應性差異的SNP位點。在臨床套用方面，課題組選擇獲國家藥監部門批准的焦磷酸測序技術平台建立華法林個體化治療的分子檢測方案，申請專利並在廈門大學附屬中山醫院臨床套用；同時利用這個技術平台擴展到氯吡格雷、葉酸、硝酸甘油、卡馬西平等藥物的基因檢測。