深圳市財政國庫支付中心為深圳市財政委直屬行政管理類事業單位，主要職能是：負責財政性資金的具體支付工作；承擔財政性資金撥付憑證審核、支付和核算工作；負責社會保險基金實撥；負責基建資金直接支付及其核算；配合國庫處擬定實施國庫集中收付相關辦法和建立國庫單一賬戶體系，審核預算單位用款計畫；負責建立市本級預算單位支出總賬、明細賬及分類管理系統；參與制定會計核算規程；負責國庫集中支付資金的動態監控等工作。
