深圳市東深水源保護辦公室成立於1993年3月,是深圳市生態環境局派駐東莞至深圳供水流域深圳轄區實施流域管理的正處級水源保護綜合執法機構。主要業務有:東深供水流域水源保護建設項目環境影響審批、環境監督管理、污染物排放許可、排污費徵收等,同時還承擔沙灣地區排污泵站和管網等設施的運行和維護管理工作。內設綜合科、規劃審批科、監督巡察科、排污設施科。