淮安市衛生局是根據《中共江蘇省委、江蘇省人民政府關於印發〈淮安市人民政府機構改革方案〉的通知》（蘇委[2010] 16號）和《中共淮安市委、淮安市人民政府關於印發〈淮安市人民政府機構改革實施意見〉的通知》(淮發[2010]8號)，設立市衛生局，為市政府工作部門。
市衛生局主要職責
(二)貫徹執行國家、省基本藥物制度和藥物政策，組織實施藥品法典和國家基本藥物目錄。
(三)負責食品安全綜合協調工作，組織查處食品安全重大事故；組織開展食品安全風險監測、評估、預警工作，依法發布重大食品安全信息。
(四)統籌規劃與協調衛生資源配置，指導全市衛生規劃的編制和實施。
(五)組織擬定並實施農村衛生髮展規劃和政策措施，負責新型農村合作醫療的綜合管理。
(六)擬定社區衛生、婦幼衛生髮展規劃和政策措施，規劃並指導社區衛生服務體系建設，負責婦幼保健的綜合管理和監督。
(七)負責疾病預防控制工作，擬定重大疾病防治規劃、免疫規劃和政策措施並組織實施，協調有關部門對重大疾病實施防控與干預，依法管理法定報告傳染病疫情信息。
(八)負責衛生應急工作，制定衛生應急預案和政策措施，負責突發公共衛生事件監測預警和風險評估，指導實施突發公共衛生事件預防控制與應急處置，依法管理突發公共衛生事件應急處置信息。
(九)貫徹中西醫並重的方針，擬訂中醫藥事業發展規劃、政策措施並組織實施，負責中醫、中西醫結合工作的管理。
(十)指導規範衛生行政執法工作，按照職責分工負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理，負責公共場所和飲用水的衛生安全監督管理，負責傳染病防治監督。
(十一)負責醫療機構醫療服務的全行業監督管理，貫徹執行醫療機構醫療服務、技術、醫療質量和采供血機構管理的政策、規範、標準，組織制定醫療衛生職業道德規範，建立醫療機構醫療服務評價和監督體系。
(十二)組織擬定全市醫藥衛生科技發展規劃，組織實施重點學科、重點人才工程，規劃重點醫藥衛生科研攻關項目，組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
(十三)指導衛生人才隊伍建設工作，研究擬定全市衛生人才發展規劃並組織實施。
(十四)組織指導衛生方面的對外合作交流和衛生援外有關工作。
(十五)負責市幹部保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作，負責重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作。
(十六)負責國家衛生城市長效管理中的愛國衛生工作。
(十七)承擔市政府地方病防治領導小組、市政府愛滋病防治工作領導小組和市愛國衛生運動委員會的具體工作。
（十八）承辦市政府交辦的其他事項。
