宋時隸崇善鄉，元時屬文質延壽里、溫陵里的卅一、卅二都，清時屬黃坑鋪、山前鋪、東周鋪。民國時期設淨峰鄉，轄9個保。
1949年9月，屬第三區(東嶺區)，設9個鄉。1952年6月，析為14個鄉，成立第四區(淨峰區)，駐地湖街。同年8月裁撤杜厝、淨北、爐內、梅東等4個鄉，恢復蓮城鄉，計轄11個鄉。1955年10月，劃西湖、甩員諒堡延壽、彭城等3個鄉歸第三區，僅轄8個鄉。1956年6月並區並鄉，撤銷第四區，設小岞鄉、嘉墩鄉、蓮城鄉、淨峰鄉，歸東嶺區管轄。1958年5月，撤區並鄉，成立東周鄉，轄3個聯社、19個分社、151個生產隊；淨峰鄉轄6個聯社、15個分社、216個生產隊；小岞鄉轄3個聯社、4個分社、125個生產隊。8月間，3個鄉又合併為淨峰鄉，轄7個分社、949個生產隊。9月，人民公社化，政社合一。淨峰鄉改為飛躍人民公估拒才社一個管勸肯祝理區，轄10個生產大隊。1961年9月析分小社，成立淨峰人民公社，轄25個生產大隊(其中18個農業大隊、6個漁業大隊、1個運輸隊)、170個生產隊(其中142個農業生產隊、24個漁業生產隊、4個副業運輸隊)。
1984年10月，成立淨峰鄉人民政府。1985年1月，生產大隊改稱村民委員會，轄18個村民委員會、176個村民小組。1989年12月，轄18個行政村，76個自然村，少戰糊有12139戶，53534人。
蓮峰行政村轄熊厝、沙塔、東內等3個自然村。
五群行政村轄後張、村邊、山邊、楊厝、山後等5個自然村。
淨南行政村轄西丘、前申、山透、錢山後等4個自然村。
淨北行政村轄西坑、後園、南山、前山、後園街等5個自然村。
東洋行政村轄東洋1個自然村。
洋邊行政村轄洋邊、西埔、後行、東頭等4個自然村。
墩南行政村轄後型、後康、後樓等歸犁3個自然村。
墩中行政村轄張厝、鄭厝、康厝、西蔡、東透、南頭、鄭厝街等7個自然村。
墩北行政村轄塘頭、坑黃、上廳、塘頭街、上坑街等5個自然村。
城前行政村轄珍頭、水頭、東蓮、城前等4個自然村。
上村行政村轄上村、苔圃、斗尾等3個自然村。
杜厝行政村轄杜厝、間邊等2個自然村。
山前行政村轄山前、峻古、庵邊、山前湖、下庵邊、西坑湖等6個自然村。
赤土尾行政村轄赤土尾、赤石陳、坑尾陳等3個自然村。
湖街行政村轄西丘街、中湖街、下湖街、口湖、前申湖、七里湖(後厝、東內湖、山後湖、後內湖)6個自然村。
前爐行政村轄前吳、爐內、潘厝、東坑、新東坑等5個自然村。
南尾行政村轄南尾、厝頭、獅嘴腳、上宅、坑黃、竹監內等6個自然村。
西頭行政村轄西頭、才求估旗桿腳、塘頭、西塘等肯囑章朵4個自然村。
