文應元年（1260），
日蓮的松葉穀草庵被燒毀，
下總國若宮的領主富木胤繼，乃在自宅建法華堂，請日蓮說法。此即本寺的起源。文永十一年（1274），法華堂改為妙蓮山法華寺。日蓮示寂後，胤繼出家，法號
日常，擔任法華寺第一世。元德三年（1331）日祐任住持時，本寺與當地的本妙寺合併，而號為本妙法華經寺。以後因
足利氏、
北條氏的外護而繁榮，第十二世日珖住世時，規定由京都頂妙寺、本法寺、界妙國寺三寺的住職輪流掌管本寺。近年則成為單立法人。寺寶有《觀心本尊鈔》、《立正安國論》等日蓮真跡。
[參考資料] 《中山法華經寺古文書》；《諸宗階級》卷下；《本化別頭佛祖統記》卷四。
