南磯濕地保護區於1995年建立，由南昌市野生動植物保護管理站代為行使管理權。
1997保護區經江西省人民政府批建為省級自然保護區－－江西南磯山省級自然保護區，管理權隸屬南昌市。
2003年－2005年，開展保護區綜合科學考察並於2006年出版了《江西南磯山濕地自然保護區綜合科學考察》，為下一步申報國家級奠定基礎。
經5年科考和3年申報，南磯濕地保護區於2008年1月由國務院批准為國家級自然保護區。南昌市設立國家級自然保護區管理局籌建辦。
2009年9月30日，南昌市編委會批准成立“江西鄱陽湖南磯濕地國家級自然保護區管理局”，副縣級建制，隸屬於南昌市林業局。
n 管理局設3科3站：“綜合科”、“宣教及保護科”、“疫源疫病監測科” 管理局下轄3個站：南山管理站、磯山管理站、恆湖管理站。
第一期工程建設項目管理局在市區的辦公用房，界樁界碑，保護工程，等等。
