1860年第二次鴉片戰爭後，英、法、美、俄四國根據與清政府簽訂的《天津條約》中相關條款規定，在東交民巷設定公使館。隨後各國公使館均選擇東交民巷一帶作為館址，並在此圈地為域，東起崇文門內、西至天安門廣場東側路、南抵北京內城城牆、北至東長安街路南，築起圍牆，建起兵營，營造出一個“城中之城”。到1900年義和團運動（庚子事變）之前這裡已經有法國、日本、美國、德國、比利時、荷蘭等多國使館。
義和團運動爆發後，這裡因為洋人糜集而被作為攻擊的重點，曾有童謠念道“吃麵不擱醋，炮打西什庫；吃麵不擱醬，炮打交民巷”，前者指的是位於北京西皇城根的西什庫教堂，後者即指東交民巷。
經歷了“庚子之亂”的各使館人員，唯恐再次出現類似義和團的事件，被層層圍困無法逃脫，於是便在南城牆的正陽門水關上開了一個門洞（位於今正義路的南口，崇文門和正陽門之間），以利於戰時出逃。由此門出，馬上可達正陽門火車站，乘車去往天津、塘沽等地。這座新“城門”開闢在水關之上，因此得名為“水關門”。
此門為1905年將正陽門東水關蓋板後擴建成門，門為券頂式，其做法不是傳統的“五伏五券”沒有城台，也未建城樓、箭樓，僅在門洞內裝鐵門兩扇。二十世紀五十年代，該門隨城牆一同拆除。
