水運營運收入核算體制指水運企業核算營運收入的組織機構和方式。
水運企業在國內航線收取的運費和港口費，是根據規定的運價和費率計收的。計算運費時，應查明貨物等級、航線、運價里程和運價；計算港口費時要查明貨類、計費噸位、作業性質和費率。航運企業的運輸收入和港口企業的港雜費收入，都由港口企業負責計收。港口企業計畫的客運票款、直達運輸、海江河聯運、水陸聯運的運費和換裝費，都按規定的辦法進行清算。港口企業的營業進款部門，包括商務部門、營業所、客運站。營業進款部門收取的各項收入進款，有的直接收取現金和支票，有的收取商業匯票，有的需要委託銀行收款。進款部門應按日將送交銀行解款和委託銀行收款的憑證、附以有關單證，向財會部門報帳，據以辦理進款的核算並進行有關的結算。
