水運會計是核算水運企業生產經營活動及財務成本的一種專門會計。水運企業生產特點與其他運輸企業具有共性,即不生產實物性質的產品,從經濟性質上說,水運企業與公路汽車運輸企業相似,分為國營、集體私營和個體經營等。水運企業按通船區域可分為遠洋、沿海、長江、內河等航運企業,沿海、內河港口企業,以及為生產服務的船舶修造企業等。水運會計要分別對船舶運輸和港口業務進行核算。港口業務成本主要是裝卸成本。在船舶運輸中,內河、沿海和遠洋企業是分設的,其會計機構也分別是獨立的,運輸成本也分別計算。交通部直屬水運企業和各級地方所屬水運企業,也分別管理和核算。船舶運輸的客、貨運輸成本,分別以人和噸為計算單位,綜合成本以核算周轉量(噸公里和噸)為計算單位。