水生細菌是生長在水體中的一類超微型水生物。是水生物群落中的一個重要成員。型體從零點幾到幾十微米。種類多，有球菌、桿菌、弧菌、螺旋菌等。按棲息環境分為底棲性細菌和浮游性細菌兩大類。結構簡單，具細胞壁、細胞質膜、細胞質、細胞核等，在生物進化中處於低級水平。繁殖快，20—30min分裂一次。分布廣。數量多少與水體肥力及水質優劣有密切關係。水生細菌是完成水域食物鏈主要環節，在代謝過程中，把有機物（包括生物屍體）分解為無機鹽（磷酸鹽、硝酸鹽）、二氧化碳和水等，供綠色植物所利用。在水體自淨和廢水生化處理中細菌數量最多，是活性污泥主要構成者，呈絮狀菌膠團，能很快吸附廢水中有機物，在厭氧菌、好氧菌作用下，污染物質被降解和轉化，使污水得到淨化。細菌的過量繁殖，可引起水體污染，威脅人體健康，因此，細菌總數、大腸菌群及致病菌等是評價水體質量的重要衛生學指標。
