環保部、國家發展改革委等11個部門聯合制訂了《水污染防治行動計畫實施情況考核規定（試行）》，將對各省區市人民政府《水污染防治行動計畫》即“水十條”的實施情況及水環境質量管理進行年度考核和終期考核。
考核內容包括水環境質量目標完成情況和水污染防治重點工作完成情況兩個方面。考核採用百分制，結果分為優秀、良好、合格、不合格四個等級。
考核工作由環保部牽頭、中央組織部參與。環保部會同國務院相關部門組成考核工作組，負責組織實施考核工作。
自2017年至2020年，逐年對上年度各地“水十條”實施情況進行年度考核。2021年對2020年度進行終期考核，僅考核水環境質量目標完成情況。水環境質量目標完成情況60分以下，或地表水水質優良比例、劣Ⅴ類水體控制比例任何一項未達到目標，終期考核認定為不合格。
考核結果經國務院審定後，向社會公開，並交由中央幹部主管部門作為對各省（區、市）領導班子和領導幹部綜合考核評價的重要依據。
在考核中對干預、偽造數據和沒有完成目標任務的，要依法依紀追究有關單位和人員責任。在考核過程中發現違紀問題需要追究問責的，按相關程式移送紀檢監察機關辦理。
